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R6_LTR-Caulimovirus_62 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus4074084244740842853-
R6_LTR-Caulimovirus_63 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus20454084296740845011-
R6_LTR-Caulimovirus_64 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus6424084500340845644-
R6_LTR-Caulimovirus_65 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus1174084569740845813-
R6_LTR-Caulimovirus_66 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus5574084580840846364-
R6_LTR-Caulimovirus_67 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus2084084636940846576-
R7_LTR-Caulimovirus_68 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus3411333332313333663+
R7_LTR-Caulimovirus_69 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus3411339722213397562+
R7_LTR-Caulimovirus_70 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus1102223115022231259-
R7_LTR-Caulimovirus_71 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus4042249117722491580+
R7_LTR-Caulimovirus_72 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus3202249776022498079+
R7_LTR-Caulimovirus_73 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus3502249816622498515+
R7_LTR-Caulimovirus_74 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus4312249854422498974+
R7_LTR-Caulimovirus_75 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus11292249905622500184+
R7_LTR-Caulimovirus_76 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus2482250018522500432+
R7_LTR-Caulimovirus_77 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus8862250046022501345+
R7_LTR-Caulimovirus_78 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus2882311747923117766+
R8_LTR-Caulimovirus_79 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus4492015500920155457-
R8_LTR-Caulimovirus_80 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus6982016761220168309-

< 4 5 6 7 8 > Total 33


Raphanus sativus (v1.0)

ID:

R6_LTR-Caulimovirus_61

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

452

Start:

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End:

40842449

Strand:

+

>R6_LTR-Caulimovirus_61

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Raphanus sativus (v1.0)

ID:

R6_LTR-Caulimovirus_62

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

407

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End:

40842853

Strand:

-

>R6_LTR-Caulimovirus_62

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Raphanus sativus (v1.0)

ID:

R6_LTR-Caulimovirus_63

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

2045

Start:

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End:

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Strand:

-

>R6_LTR-Caulimovirus_63

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Raphanus sativus (v1.0)

ID:

R6_LTR-Caulimovirus_64

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

642

Start:

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End:

40845644

Strand:

-

>R6_LTR-Caulimovirus_64

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Raphanus sativus (v1.0)

ID:

R6_LTR-Caulimovirus_65

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

117

Start:

40845697  

End:

40845813

Strand:

-

>R6_LTR-Caulimovirus_65

ATGATATTTTACAAGGGGGTACACACATATTTATAGATGAGGATAAGGCGCTGACATAAGCGCTTACCTCATTGCTTGCATCATGCTTACATAGCGATTACATCATCGCTTGATATC

Raphanus sativus (v1.0)

ID:

R6_LTR-Caulimovirus_66

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

557

Start:

40845808  

End:

40846364

Strand:

-

>R6_LTR-Caulimovirus_66

GATATCTGGCGAGGAATTTGTATCGAATTTGGTGCCTGAGATGCTGATGTGACTTCGAGATATAGGGCTTCGTCAGTCGAAGGTAGTACAAGATCGAGAGCGTGGTCTTGAATTCGGTAGACGATCTGATGATGCAAAGTGGCTGCTACACTCTTCTCTTGCATAGGTGCTCCAATTAATTGAAGCTGTACCTTGAGCGTTTTCAACAGATTTGGATCTTGTAGCGAAACATTAAAATTTGGAAACAGCGTTACGAATATTGTTCCTGCATTTAATGTTGTCTGGACTGTTCCGATACATGCTTGTTGATATGACTTTAATCGGGAATCGATTAAAGCTATCTTAGCAATGACAGGTAGACCTTTTCTGGCGTGTAAGGTCAGACCAATTCTCACTACACCGAAGTGGAGATGGGTGTAGCCTTGTTGTTGCCATAATCTGGATAGGTGCTCCGGAATGTTCAATGATATGAACTGTTCTTCTTCAGTGGCTGGTACTTGGCAAGATGAGAACTTGCTGGATTGAACATACTCCATAACCTTTCGGTTTGAGGATGG

Raphanus sativus (v1.0)

ID:

R6_LTR-Caulimovirus_67

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

208

Start:

40846369  

End:

40846576

Strand:

-

>R6_LTR-Caulimovirus_67

ATGAGTTCACGAACGCTTTTAACAGAGAAGGCGCTAGGCTTTTTTGCAAAGTATTCATATGGATTTACTAAAGGAAGAGTTGTTTCTGGTAACTGGTCACCCGGAATATACTCGATTTCGTAAAGGAAGTTTATAGCGGAGAGGAAGAGAAGTGCGACTTTTGCTTTTAGGAAGAGTTGAGATTGCAAACTGGGAATTGATTGAAGAA

Raphanus sativus (v1.0)

ID:

R7_LTR-Caulimovirus_68

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

341

Start:

13333323  

End:

13333663

Strand:

+

>R7_LTR-Caulimovirus_68

CAATTAATTTTCAAGCACCTATTGCCAACCTATTCCAAAAGCTGAAGTACAATCTAGTTTTCCCACTTCTCTAACACCATCCGATTTTAAATCTATACAAGTTATTTCAAAAAATTTTGAAATTGATAAACAATATCTTAAAGAATATTTTTATCTCATAAAAATAAAAATAAAAATAAAAGATAGTGGTATTTTAAAACATTCATTAAAAAACGACTATTAGTTATTGAGAAAATTGGTATGATCATATGAATATAAAATAAAAACTAATATCACATTCTTTAGATGGTTTGAAACATATTCCCAAGAAAATAAAATAGATTACCCTTATAAAAATGAAT

Raphanus sativus (v1.0)

ID:

R7_LTR-Caulimovirus_69

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

341

Start:

13397222  

End:

13397562

Strand:

+

>R7_LTR-Caulimovirus_69

CAATTAATTTTCAAGCACCTATTGCCAACCTATTCCAAAAGCTGAAGTACAATCTAGTTTTCCCACTTCTCTAACACCATCCGATTTTAAATCTATACAAGTTATTTCAAAAAATTTTGAAATTGATAAACAATATCTTAAAGAATATTTTTATCTCATAAAAATAAAAATAAAAATAAAAGATAGTGGTATTTTAAAACATTCATTAAAAAACGACTATTAGTTATTGAGAAAATTGGTATGATCATATGAATATAAAATAAAAACTAATATCACATTCTTTAGATGGTTTGAAACATATTCCCAAGAAAATAAAATAGATTACCCTTATAAAAATGAAT

Raphanus sativus (v1.0)

ID:

R7_LTR-Caulimovirus_70

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

110

Start:

22231150  

End:

22231259

Strand:

-

>R7_LTR-Caulimovirus_70

GTCGTGTTGACAAAATCTTATTGATCAGACGAGTTCGATGATTTTCCAGGTATAGGGAGCGATTCAGGCACTACCTCGGCCTTTTCGATCAAGCTCAACCACTGTTAGGA

Raphanus sativus (v1.0)

ID:

R7_LTR-Caulimovirus_71

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

404

Start:

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End:

22491580

Strand:

+

>R7_LTR-Caulimovirus_71

TACACGGGAGAAGGTATGTATGAATGGAACATAAATGGTAGATCAGCATATGAGATGATGAATTTATTTCAAGAAACGGGGATTGCTGATTTGGCCTATAAAGCTAAAGGCTTGTCAAACAAACAAGCATGTGTCCTCTCAGTTCTTAATGGACCTTAAAATATTGGTGGGATAAAGCATTAGATAATTTATCTCAAGACTCTATAACCATGTCGAAACTAGACAAGTAGAAGGGGAAGATGGACTTTATGAAGAAGAACAAATCCAAAATGCTATAGAAGTATTATTACACAATGACTATGCATTTTGTACAAAACCCTACTGAAGAACTAACTAATAAAAAATTAGTCTTAACAAATCTCAGATGCCCAACCCTAGGAGATTTTAAATGTTATAAAGATATT

Raphanus sativus (v1.0)

ID:

R7_LTR-Caulimovirus_72

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

320

Start:

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End:

22498079

Strand:

+

>R7_LTR-Caulimovirus_72

AAAGATATTATAACTAATATATTCCAAAGAAATGATTGTAATCAACCTTTTTGGAAAGAAAAATTTATATCTGGATGACCTTCATTTTTCACTGAAAAACTAATAAGTAAATTAAAAGGATTTTTTCTGGTGGTCAACCAGTTCCATGGGATTCTATAACCTATGGTCAGTTGTTCGCCTTTGTTAAAAAAGAAGGATTACAAATATGTCATGATCATAAAGATAAACATCTAACTAGTAAATTTAGATTCGGTAAAATTATGGGTTCTTTTTGTGTGCAATATGGTTACCACCGTCTTACTTCACCCTCTAGAGAAAAA

Raphanus sativus (v1.0)

ID:

R7_LTR-Caulimovirus_73

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

350

Start:

22498166  

End:

22498515

Strand:

+

>R7_LTR-Caulimovirus_73

TTATATGAAAAACAAAACTCCACAAAAAATCCAACTAAAAAGGAAAAGAATTATTTGCTGGAATTGTAAACGACCTGGACGTAAATTAACTGAATGCAAAATAAAAAGAAAGATTAATGAAATCTTTCATGATCAACGGGATATTACGGAAAAGCTAGAAAAAATTACTCCTTTCAGAGTCAAAAAATTCCAAAGAATCTAATAATGAACATTCCCTAGATATTATAGAAGTCCAAAGTGAATCATCATCAGAAGATTCTCAGAATTGTTATGATGATATTTGCAATTGTAACACAATAAACATAATTACTAAAGATATAGATAAAAAATGTATAATAGATATAATTGAT

Raphanus sativus (v1.0)

ID:

R7_LTR-Caulimovirus_74

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

431

Start:

22498544  

End:

22498974

Strand:

+

>R7_LTR-Caulimovirus_74

AATATCTTCTAAAACTAAAAGATATTGTATATAATGAAAACCAACTTTTTACTCCACGACTTTTAGACTTAGCAAGATATTAGAACATATTCCTCCCCCACTCTATTTAAACAAGTAACTACCAGATAGATACAAGGAGAAGTAAAAAAATTAAAATCCCAAGTAAGAGAATTACAACACATAGTACACCAAAAAAAATTAGAACAACTACAAATTAAAGCTAAAATAGCCTTAATTGAACCAAACTTTCACCAGTCTATACCCACTATTCCATCAACAAGTAACCCTGAAAAGCAAATAGAAACTAATGATGAAGAAGAATATATTAAAATAATAGAGAAAATAAACTATCAAAAATGGTATACAAAAATCAACTTACGTATATGCTATGATTTTAAAGTATAAATAACAGCATTACTAGACACAGGTGC

Raphanus sativus (v1.0)

ID:

R7_LTR-Caulimovirus_75

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

1129

Start:

22499056  

End:

22500184

Strand:

+

>R7_LTR-Caulimovirus_75

CAATTTATTTTTTTTAAAAACAATTAAGCCAAGAAATGATATTAGGAACTCCATTTTTAACACAAATTTATCCATTTAAAGTCACCGAACTCGGAATTACTACAAAAGTAGCTGGAAAAAATCATATTTTAATTTTTATCTCCAATGAAAACCAAAGAAATATTAGCTTTACAAAATCTACTATAGAAAAATCTATAAACCTAATAAATGTAAAAAAAAAACATATTCAATATCTACAACAAGAAATAAAATATCAGCAAATAGAAAATCAATTAGGTGATCCATTAGTAATAAATTAAATTAAAACTTTTAAAATTAATTATTAAAAAGTATGTTTTGAAATCCCGGGCCTTTTGGGAAAAAAAATATTGTTAAAATTCCATATGAAAAAGACTTTAATGAGAAAAAAATATTGCAACTAAAGCTAGACCCAAACAAATGAATCAAGAACTTTTATAACATTGTGAAAAAAAAATCCAGGAACTATTAGATAAAAAACTAATAAGAAAATCTAAATCACCTTTGGAGGTGTTCAGCTTTTTATTTAAATAATCAAGCAAGAAAAGAAAGAGGTGTACCTTGCTTAGTAATTAACTATAAACCTTAAACATTTTTATACAATGGATAAGATACCCAACACCAAATAAAAGATACCTATTAAAAAGGCTATATGATGCTTGTATATTTTAAAAATTTGATATGAAAAGTGGATTTTGGCAAATTCAAATAGCTGAAAAAAACAAGTACACGGCAACATTCACTATACCTTTTGGGTATTATGAATGGAATGTTACGCCATTATGTTTAAAAATGCACCTTCAGAATTTCAAAATATTATGAATGGAAATTTTAACCCTTGCTCCATGTTTTCCATAGTCTATATAGACGATGTTTTAATATATTCAAAATTTATTCTCCAATATTTCAAACATTTATATACTTTCTTAAGCATAGTTAAAAATTGGATTAGTATTTTCTGCTAAAAATGCAAATATTTCAAACAAAAATAAGATTCCTAAGACATAATATTCATCAAGGAACAATAACACCGGTTTCTAGATCAATAGAATTTACAAATAAATTTGCTGATGAAATAAAAGAAAAAACACAATTACAAAGATTTTTACGA

Raphanus sativus (v1.0)

ID:

R7_LTR-Caulimovirus_76

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

248

Start:

22500185  

End:

22500432

Strand:

+

>R7_LTR-Caulimovirus_76

AAAAGGTCACAACATTACCTTGCGTAGTTATTCAACATCCTAGTGCATTTATGATAGCAGAGACATATGCATCATAAATAGGATATGGCGGGATCCTCAAACAAAAATTGTCAGAATCAAAACAGAAGTTTATAGTACGTTTTCATTTAGGTGTTTGGCTAGGACCCCAAAAGAATTATTCCACAATTAAAAAGGAAGTTTTATCTATAGTAAAATGTATTTCTAACTTTCAAGATGATTTAATAAAT

Raphanus sativus (v1.0)

ID:

R7_LTR-Caulimovirus_77

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

886

Start:

22500460  

End:

22501345

Strand:

+

>R7_LTR-Caulimovirus_77

AAGATGATTTAATAAATTTTTTTACTACGTGTCGATTGTAAAACAGCTAAAGAAATTTTACAAAAAGACGTAAAGAATTTGGTTCCAAACAATTTTTTCAAGATGAAAAGCTATATTATAAGTTTTGATTTTGATATACAATATATAAAAGGCAAAAATAATTGTCTACCAGATTTTCTAACAAGAGAATATTTACAAGGAAAAACACAAGACCATCAAAATAAGTAAACAAAAATGGTCAATGTCAGCGTCAGATTGTACCAAAACTCAACCACACCTACAAAGAAAACAAATATCCACTACCAACCAATTACTGTATCTGCATTAGTAGAATTTCCTCCATTATCATATGCAAAGGCTGTTAAACCCAATGCCACAAAAATAGTCCTTACACCAACATTACAAAAAACCACGGACCAAAAACCCACCTATTTCCTTAAGCCACAACGCCAACACTTAACCACTACCTCATTTATCAACCCATATTCGTCAAAGACTTAAAAACTTTTACCAACCGTTTCTTCTACGAAGATAGCCATACATCACTGATAACCTAAACTACCTTTTATGAGTTTACTCTTCTAGATACCAAATCGGTAGAGATTACTCATCACACTGATGAAATCAAAACCTTATCCACTAGTACTCCACATTCAAGGTCCTAAAAATATGTACTTCCTCAGACCTCTGATTTATGAACTTCCATACCACCAAAGAGTTCTCTTTTTCAGGGTATCATATCCTGGGATTTTCTTATGTATGTTACCAAAAAGCCTTTCTCCATGCCATATACCTACGAACTTACAACCATTCTTGGTTCATATTCTTTGACTTCCATTGCCCTAAGTTAATACCAGATTGGTTCTATGAATGGTGGCACCGGTTT

Raphanus sativus (v1.0)

ID:

R7_LTR-Caulimovirus_78

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

288

Start:

23117479  

End:

23117766

Strand:

+

>R7_LTR-Caulimovirus_78

TTTCTCTCTCTAAATGTCTCTCTAAAGTTCTCTAGTTTTCCAGACCTTATCTCATCTTTGATAAGTTCTGATTTCTATCTTCCATACACAAGATGCGATCCAACTCTTAGCTGTGATTCTTCTTGATCGATCTCCGTCAATACAACTCTGTCAACACGACTTTCGGGGGAGGTGATTATCCTAACAGTGGTTGAGCTCGATCGAAAAGGCTGAGGTAGTGCCTGAATCGCTCCCTATACCTGGAAAATCACCGAGCTCGTCTGATCAATAAGACTTTGTCAACACGAC

Raphanus sativus (v1.0)

ID:

R8_LTR-Caulimovirus_79

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

449

Start:

20155009  

End:

20155457

Strand:

-

>R8_LTR-Caulimovirus_79

GATGGATGGATTTTATTTTATTTTCATCTACTTGTTCCCATACTTGACTTATTGACGTACTTGCATTAATTGTTTTAAATGGATATTCAATTTTATTTATAATTGAATAGTTTTCGAACCATTTAAAAAATGGAATATTCATTTCTTTTGAAATCATATAATTATACTAATTTTCTCTAAACATAGTTGTTTTTTTGTTTAGAAAAAGTACTAAAATACCATTTTCTTTTTTTCTTCGTTTTCTTTTGAGTAAAAATCTTCTTTAGTATATTGTTTATTGATTTCATATTTTTTGGTTATAACATTTATTGATTTGAAATCTGATAAGGTTGGTGATGTTGGATACATATCTTGATGCGGTTCAGCTATTGGTGCTTTGAATTGAATCGATTCGTCTTGTCTAATATTTTGATTTACACTTTCTGTTTCTGAATTTGTACTAGATTGAC

Raphanus sativus (v1.0)

ID:

R8_LTR-Caulimovirus_80

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

698

Start:

20167612  

End:

20168309

Strand:

-

>R8_LTR-Caulimovirus_80

GGTTCTGATCTACTGATTTCATTGTTACTTATTTTATCTTCAATACTGTCTATTTGTTTAGATATTGTATATAATAATTGATTTTGATAATTATTTTGTTGATATATTGATTTCATATCTTGCATATTTACTTGGTCTTTATCATCTTTATTAGCTCCGGTTTTAAAGGGTGTAGCTATAATTTGTTTATTAGCAGTATTTATTTTTATGTGTTTCAAGGGCGGATAGATGGATTTTATTTTATTTCCATCTAATTGTTCCCATACTTGACTTATTGACGTACTTGCATTAATTGTTTTAAATGGATATTCAATTTGATTTATAATTGAATAGTTTTCGAACCATTTAAAAATGGAATATTCATTTCTCTTTATATCATATAATTATACCAATTTTCTCTAAACATAGTTGTTTTTTGTTTAGAAAAAGTACTAAAATACCATTTTCTTTTTTCCTCGTTTTCTTTTGAGTAAAAATCTTCTTTAATATATTGTTTATTGATTTCATATTTTTTGGTTATAACATTTATTGATTTGAAATCTGATAAGGTTGGTGATGTTGGATACATATATTGATGCGGTTCAGCTATTGGTGCTTTGAATTGAATCGATTCGTCTTGTCTAATATTTTGATTTACACTTTCTGTTTCTGAATTTGTACTCGATTGACCCGTACGATATTCAGAAAAGAGGCTCTTG