ID Class Order Superfamily Length Start End Strand View
Chr1_LTR-Cassandra_41 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra1101693058116930690-
Chr1_LTR-Cassandra_42 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra3571757131617571672+
Chr1_LTR-Cassandra_43 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra1111757167317571783+
Chr1_LTR-Cassandra_44 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra3261925188519252210+
Chr1_LTR-Cassandra_45 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra1191925229019252408+
Chr1_LTR-Cassandra_46 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra3412051006120510401+
Chr1_LTR-Cassandra_47 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra1902115824921158438+
Chr1_LTR-Cassandra_48 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra2302158177821582007+
Chr1_LTR-Cassandra_49 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra3552163741921637773+
Chr1_LTR-Cassandra_50 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra1122163777421637885+
Chr1_LTR-Cassandra_51 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra3452163788621638230+
Chr1_LTR-Cassandra_52 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra3262165049221650817-
Chr1_LTR-Cassandra_53 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra3582171024921710606+
Chr1_LTR-Cassandra_54 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra3572277730822777664+
Chr1_LTR-Cassandra_55 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra1052410135224101456+
Chr1_LTR-Cassandra_56 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra3652497591624976280+
Chr2_LTR-Cassandra_57 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra10213097211309822-
Chr2_LTR-Cassandra_58 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra31913098031310121+
Chr2_LTR-Cassandra_59 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra11213101221310233+
Chr2_LTR-Cassandra_60 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra30713102341310540+

< 3 4 5 6 7 > Total 9


Arabidopsis thaliana (TAIR 10)

ID:

Chr1_LTR-Cassandra_41

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

110

Start:

16930581  

End:

16930690

Strand:

-

>Chr1_LTR-Cassandra_41

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Arabidopsis thaliana (TAIR 10)

ID:

Chr1_LTR-Cassandra_42

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

357

Start:

17571316  

End:

17571672

Strand:

+

>Chr1_LTR-Cassandra_42

TGTAACACCCTGGTTTCACAAAATATGGTGGTGCATGCAGAGAAGTTTTAAAAATTTGATTTGACCACCTATATCATCAAATTGCACTTATTTTCAGTCAAACATCTGAAAAGAACTTCATAATTAAGCGTGCTTAAGTTAGAAAAATTACAGGGAATGACCTTCCAAGAAGTGATTGTCGCAACTGTATATGAGCGAGGATAAAACACGAGAAAATATAATGTGGTGATATGTAGGATCGGTAAACAAGCCTTTAAAGCCTCGTAAACGTAATGGATCGGCTATCGGGTAAGAGTGAGCCCGTGAGCCGAGAGAGGACGTGGGGTCACTAAGAAAGATGGAGGTCGGGGAGTTACA

Arabidopsis thaliana (TAIR 10)

ID:

Chr1_LTR-Cassandra_43

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

111

Start:

17571673  

End:

17571783

Strand:

+

>Chr1_LTR-Cassandra_43

AACGGTATCAGAGCCAAACCCAGACGAATGTGGAGTTAAGAGGGTTAACAAAGTCGATTGTGACGGTCTTGATGCGCAACCAGGACGATACGATCTGCTAGAGGGATGAAT

Arabidopsis thaliana (TAIR 10)

ID:

Chr1_LTR-Cassandra_44

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

326

Start:

19251885  

End:

19252210

Strand:

+

>Chr1_LTR-Cassandra_44

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Arabidopsis thaliana (TAIR 10)

ID:

Chr1_LTR-Cassandra_45

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

119

Start:

19252290  

End:

19252408

Strand:

+

>Chr1_LTR-Cassandra_45

TGTAATGCCTAGATTTTTAGAAATATAGAGGTGTGATGAGGCACGATTAAAAGAATTGATTTTGTTACATGTGTCACATATTTCTTTTTTGTCAAATTTATTGACAAAACATTAGAGTT

Arabidopsis thaliana (TAIR 10)

ID:

Chr1_LTR-Cassandra_46

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

341

Start:

20510061  

End:

20510401

Strand:

+

>Chr1_LTR-Cassandra_46

GAAGTATAGTGGTGCATGAGCAAATCTTAAAAAGAATTTATATGGTTATGTATATCACCACAATGTCCTTATATTTTCAATTAAACATCTCGAGAGTACTCTAGAATTGAATGTTCTTGAACTCGATTAATTTGAGGATGGGTAACCGAGAATTGATTTCTCGTAGTGTGTACTGTATAAATGAAGATAAAATACGGGAAAATATCACATAATGATTTATAGGATTGGTAACCAAGTCTTTAAAACCCCTGGAAGTAGCGAACTAACCGCTAGACAAAGGATGGGCCAATAGACTAGGGGAGGACATGAGACCTATGGACGGTTGCAATTGGAGAGTCACA

Arabidopsis thaliana (TAIR 10)

ID:

Chr1_LTR-Cassandra_47

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

190

Start:

21158249  

End:

21158438

Strand:

+

>Chr1_LTR-Cassandra_47

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Arabidopsis thaliana (TAIR 10)

ID:

Chr1_LTR-Cassandra_48

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

230

Start:

21581778  

End:

21582007

Strand:

+

>Chr1_LTR-Cassandra_48

GTGTTTGAGCTGAAATAGTTTTAGAATGAATAACCTATTGGAAAGTGATTGTTTGTATCGTGTGAATGAAGACAAAAAAAAAAACTAGAAAATATCATATAATGATTTGTAAGGTCGATTAATAAATATTTAAAGCCTTAAGATAAAATGAACCTGTCGTAAGACAATGATGTGCCAATAAACCGAAAAAGAACGTGGGATTCATAAATAGTGGCAGTCAGAACATTACA

Arabidopsis thaliana (TAIR 10)

ID:

Chr1_LTR-Cassandra_49

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

355

Start:

21637419  

End:

21637773

Strand:

+

>Chr1_LTR-Cassandra_49

TGTAATACTTCAATTTAAGAAATACAATAGTGTATGCGCATAGATTTAAATGAATTGATTTGACCATCTATATCATTAAAGTATACTTATCTTTTTTGTCAAATTCTTGAGAGAACTTCACAGTTAAGCGTGCTTGAGCTGATAAAGTCTCATTATGGAAGACCTTCCGAATAGTGATTGTTGGAACCAAGTAAATGAGGACAAAACATTAAAAAATATCATGTGGTGATTTGTAGGGAAGGTAACAAGTCTTTAAAATTTCCCGGACGTAGCGTACCGACCGTGGGACAGAGGTGAACCCACATGCCCGAAAGAAGACGTGGAGCCCACTAGTAGGGACAGTCAGAACGTCATA

Arabidopsis thaliana (TAIR 10)

ID:

Chr1_LTR-Cassandra_50

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

112

Start:

21637774  

End:

21637885

Strand:

+

>Chr1_LTR-Cassandra_50

AGTAGTATCAGATCCGAATTCACATGAGTGTGAAATCAAGAAAGCTCGCTCCATCCGGGGTTACGATCTTGGTGTGCCACGAGAACGTTACGTTCTGTTTGTGGGGATGAAT

Arabidopsis thaliana (TAIR 10)

ID:

Chr1_LTR-Cassandra_51

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

345

Start:

21637886  

End:

21638230

Strand:

+

>Chr1_LTR-Cassandra_51

TGTAACACTCCGATTTTAGGAATATGGTGGTGCATGCGAAAACGTTTAATAGAATTGATTTGACTATTTATATCACCAACGTGCATTTATCTTTTCGGTGAAACTTTTTGGGATAACTTCATAGTTAAGTGTGCTTAAGCTGAAAAATCTCAAAATTGGTGACCTTCCAGAAAGTGATTGTTGTAACCATGTAACTGAGGATAAAACATGGAAAAATTATGTGGTGATTTTTAGGATCAGTAACAAGGCTTTAAAATCTCCCAAACGTAGCTTACCAACTATCAGACAGAGGTAAAACTACGGAAACGAGAGAAAAACGTGGAACTCACTAATAGGAACAGTTAG

Arabidopsis thaliana (TAIR 10)

ID:

Chr1_LTR-Cassandra_52

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

326

Start:

21650492  

End:

21650817

Strand:

-

>Chr1_LTR-Cassandra_52

CCGACTACAATTATTTGTGGACCTTTCTGTTCACTCCTAGCCCGTAGGCTTCATCCACGTCTGACCACCGATGTCAAACTTTTGAAACCTCTAAGAAACTTGTTATTGGTCATATATTTCACCACAAACGTAAAAATACGTGTTTTTACATCTCATGATATTAATAATCATTTATAATAGGTCATTTTCTTTAGATATCTCTAACTTAGACACACTTAATGTGTAGGTTTTTCAAAATGAGTCACGAAAAAGTTAATTACACTTTGGTGATACATGAAAAATCAAATTAATAATTTTGATCATCTCAACACGCACAACTATTTTTC

Arabidopsis thaliana (TAIR 10)

ID:

Chr1_LTR-Cassandra_53

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

358

Start:

21710249  

End:

21710606

Strand:

+

>Chr1_LTR-Cassandra_53

TGTAACACTCCCGTTTTTATGGTGACGCATATAGAGAAATTTAAAATAACTGATTTGGTCAGTGAGTAAAGTTCACTATCTTTCGGTCAAACGTTATAAAAAAACTTTATAGTTAATTGTGATTCGTCTAGAAAAATCTCATGATGAGTGACCTGCTATAGGAATTGATTATTGGATCTATATGAGTAAAGACAAAACAAAAAGAAAGATCGTGATAATTTGTAGAACCAATAAACAAGTTTTTAAAAATTTTAGACATAACGAACCGACCGTCAGACATGGATGAGACCTAGGGATGAAACCTATGGACCCAAGAGAGATGTGAGTGCTCACTACTAAAGACGGTCGGAGCGTTACA

Arabidopsis thaliana (TAIR 10)

ID:

Chr1_LTR-Cassandra_54

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

357

Start:

22777308  

End:

22777664

Strand:

+

>Chr1_LTR-Cassandra_54

TGTAAAACTTCGGTTACAGGAATATGGTGGTGCATGTGGAGAAATTTATAAAAATTAATTTGGTCATCTATGTTACTAAAACACACTTATCTTTTTTGTCAAACGTCTTAAAGAAAATTCTACAATTAAGCATTTTTAAGCTGGGAAAGTCTTATGATAGATAACTTTCGAGGAAATGATTGTCGGAACCGTGTGAGTGAGAACAAAATACGGGAGAAAATCATGTGGTGATTTGTAAGGTAAGTACCAAGTTTTTAAAGCCTCTCAGACATGGCGTATCGATCGTTGGACAGAAATAGACCCACAGACCCGAGAAAATACATGAGACCTACTAGTAGAGACTCTTGGAACATTATA

Arabidopsis thaliana (TAIR 10)

ID:

Chr1_LTR-Cassandra_55

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

105

Start:

24101352  

End:

24101456

Strand:

+

>Chr1_LTR-Cassandra_55

TATAGCACTCCGGTTTCAGGAATACAGTGGTGCATGCAAAGAGATTTAAAAGAATTGATTTTTGGTTACCTATATCATCAAAATACACTTATCTTTTTGGTCAAA

Arabidopsis thaliana (TAIR 10)

ID:

Chr1_LTR-Cassandra_56

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

365

Start:

24975916  

End:

24976280

Strand:

+

>Chr1_LTR-Cassandra_56

TGTAAAACTCCGATTTTGTAAATATGGTGATGTATTTCAAGAGGTTTAAAAGAATTGATTTGAGTATTTATGTTACAAAAAATGCATTTATTTTTTTGGGCCCTCACAAACAAAATGCATCATTTCAGAACCCCACAACTAAGCTTTTTTGAGATGGAACAATTTCATGATTGATGACCTACCCCATAGTAACTTTTGGTAATGTGTGAGTTGAAAACAAAATACAAAAAAAAAAACTCATGGTAATTTGTATGGTTATTAAACAAGTCTTTTTAGAATAACGCATCAACCATCGGATGAGAGTGTAGCCCACAAACCAAAAAAAACGTGGGAATGGGACATTAGCAGTACAGTCGGGGGTTACA

Arabidopsis thaliana (TAIR 10)

ID:

Chr2_LTR-Cassandra_57

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

102

Start:

1309721  

End:

1309822

Strand:

-

>Chr2_LTR-Cassandra_57

TGTAACGCCTCGACCGCCCCTACCAGTGGACCCCCACGTTCTCTGGGCCCACCTCTATCTGATGGTCAGTACGCCACATCTGGGAGAGGTTTAAAAGAATTG

Arabidopsis thaliana (TAIR 10)

ID:

Chr2_LTR-Cassandra_58

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

319

Start:

1309803  

End:

1310121

Strand:

+

>Chr2_LTR-Cassandra_58

GGAGAGGTTTAAAAGAATTGATTTGGCCACCTATGTCACCAAAGTGCACTTATCTTTTCGGTCAAAGGTCCTAAGAGAACTGCACAGTTAAGCGTGCTTGAACTGAAGTAGTTTCAGGATGGGTGACCTTCAAGAAAGTGATCGTCAAAACCATGCGAGTGAGGACAAAGCATGGGGAAAGATCATTTGGTGATTTTTAAGATCGGTAACAAGTCTTTAAAGCCTCCTAGACATGGCACACCGACTGTTAGATAGGGGTGGGCCCATGGGCCTAAGAGAGGACGTGGGGCCCACTGGTAAGGGCGGTCAGGGCGTTACA

Arabidopsis thaliana (TAIR 10)

ID:

Chr2_LTR-Cassandra_59

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

112

Start:

1310122  

End:

1310233

Strand:

+

>Chr2_LTR-Cassandra_59

AATGGTATCAGAGCCCAACCCATACGAGTGTGGAGTCAAGAAGGCTCACCTTATAGGGGGTGACAGTCTTGGTGCGCAACGAGGACGTTGCGATCTATTACCCTGGGTGAAT

Arabidopsis thaliana (TAIR 10)

ID:

Chr2_LTR-Cassandra_60

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

307

Start:

1310234  

End:

1310540

Strand:

+

>Chr2_LTR-Cassandra_60

TGTTACACCCCGAATTCATGAATATGGTGGTGCATGCGAAGAGATTTAAAAGAATTGAATTTGCCAGGTATGTCACCAAATTGCACTTATCTTTTTGGTCAAAAGTCCTGAGAGAACTCTACAGTTAAGCGTGCTTGAGCTGGAGTAGTTTCAGGATGGGTGACCTTCCGGGAAGTGATTGTCGGAACTATGCGAGTGCAGACAAAGCATAGGGAAAGATCATGTGGTGATTTGTAGGGTCGGTAACAAGTCTTGAAAGCCTGCCAGACGTAGCGCACTGACCGTCAGATAGGGGTGGGCCCATGGG