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Contig00720_LTR-Cassandra_62 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra3456228062624-
Contig00741_LTR-Cassandra_63 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra3846775868141-
Contig00750_LTR-Cassandra_64 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra3645715257515+
Contig00750_LTR-Cassandra_65 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra2825764657927+
Contig00752_LTR-Cassandra_66 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra2965529555590-
Contig00757_LTR-Cassandra_67 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra1813668136861-
Contig00764_LTR-Cassandra_68 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra3595005450412+
Contig00764_LTR-Cassandra_69 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra3475051850864+
Contig00767_LTR-Cassandra_70 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra3444524545588+
Contig00767_LTR-Cassandra_71 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra3434575146093+
Contig00769_LTR-Cassandra_72 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra2025980360004+
Contig00769_LTR-Cassandra_73 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra3426014460485+
Contig00792_LTR-Cassandra_74 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra3594584846206+
Contig00792_LTR-Cassandra_75 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra3594631246670+
Contig00793_LTR-Cassandra_76 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra1737070270874-
Contig00809_LTR-Cassandra_77 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra832593626018-
Contig00809_LTR-Cassandra_78 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra3422612726468+
Contig00809_LTR-Cassandra_79 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra1012653826638-
Contig00815_LTR-Cassandra_80 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra1175410054216-

< 4 5 6 7 8 > Total 49


Isatis indigotica (v1.0)

ID:

Contig00720_LTR-Cassandra_61

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

325

Start:

61872  

End:

62196

Strand:

+

>Contig00720_LTR-Cassandra_61

TGTAACATCCCGATTTCTGGAATATATGAAAACATATGTGAGAGAGGTTAAAAGAATTGATTTGGCTACTTATGTCACCAAAGTGCATTTACCTTTTCAGTTGCACATCCAGAGAGAACTCCAGAGTTAAGCGTGATTGAGCTGGAGTAGTCAAAGGATGGGTGACCTACCGGGAAGTCATTCGCGGTACCGTGTGAGTTAGGAAAAAACACGGAGAACAGTCATGTGGTGATTGCAGGGCAGTATATCATGACTTTCGAGACTCCCGGTTAACGCACCGACCGTCGGATAGGGGTGGGGCCCACGAGCCCGATAGAGGGATGTG

Isatis indigotica (v1.0)

ID:

Contig00720_LTR-Cassandra_62

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

345

Start:

62280  

End:

62624

Strand:

-

>Contig00720_LTR-Cassandra_62

CATCCCTACTGGTGAGTCACCCATCCCTCTATCGGGCTCGTGGCCCCCACCCCTGTTCAATGGTCGGTGTGTTATCCGGGAGGCTCGAAAGTCATGATATACTGCCCCTGCAATCACCACATGACCATTCTTCGTGTTTCTCCCTAACTCACACGATACCGCGAATCACTTCCCGATAGGTCACCCATCCTTTGACTACTCCAGCTCAAGCACGCTTAACTCTGGAGTTCTCTCCGGATGTGCAACCGAAAAGGTAAGTGCATTTTGGTGACATAGGTAGCCAAATCAATTCTTTTAACGTCTCCCACATATGTTTCCATATATACCAGAAATCGGGATGTTACA

Isatis indigotica (v1.0)

ID:

Contig00741_LTR-Cassandra_63

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

384

Start:

67758  

End:

68141

Strand:

-

>Contig00741_LTR-Cassandra_63

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Isatis indigotica (v1.0)

ID:

Contig00750_LTR-Cassandra_64

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

364

Start:

57152  

End:

57515

Strand:

+

>Contig00750_LTR-Cassandra_64

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Isatis indigotica (v1.0)

ID:

Contig00750_LTR-Cassandra_65

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

282

Start:

57646  

End:

57927

Strand:

+

>Contig00750_LTR-Cassandra_65

ATATAGTGGTGTATGTGAAAAGATTTAAGAGAATCAATTTGGCTACCTATGTCACCAAAATGCACTAACTGTTTCGTTCACACATCCGGAAAAAACTCCAATGTTAAGTGTGTTTGAGCTAGAGTATTTAAATGATGAGTGATCTATCGAGAAGACATTCACGGTATTGTGTGAGTGAGGACAAAACACTTGAAACGGTCATGTGGTAATTATAGGGTTTGTAAACAACTCTCTTAGACCTTCTAAAATAACGTACCGAGAGTTGGACTCGGATGGGGTCAT

Isatis indigotica (v1.0)

ID:

Contig00752_LTR-Cassandra_66

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

296

Start:

55295  

End:

55590

Strand:

-

>Contig00752_LTR-Cassandra_66

CACCCCTATCCAATGGCGAATGCATTATTTTTAGAAAGTTCAAAAGACTTATTTACTGACCCTGCAATCACCACATGACCGATCACTGTACTTTTTTATTTACACGGTATCACGAATCGCTTGCCGATAGATCACCCATACTTTGACTACTCCAGCTCAAGTACACTTAGTCCTAGATTTTTCTCCGAATGTGTGATCGGAAATGTATATACATTTTAATAACATAGGTAGTCAAATCAATTCTCTTAATCTTTTACATATATACATCACTATACATCAGAAATCGATATGTTACA

Isatis indigotica (v1.0)

ID:

Contig00757_LTR-Cassandra_67

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

181

Start:

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End:

36861

Strand:

-

>Contig00757_LTR-Cassandra_67

CTTTGTTTGATGGCTGCTGCACAGCTGTGGGAGAGTCGAAGATATGTAATACTTATTTTGCAAATCAGTATGTGATATTTCCCTTCATTTTTCCTCACTCACACTGTACTATAAATTATTTATAGATAGGTTAGTATCCTTAAATTGCTCTAGCTCAAATACATTTAACTCTGGAATCTCT

Isatis indigotica (v1.0)

ID:

Contig00764_LTR-Cassandra_68

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

359

Start:

50054  

End:

50412

Strand:

+

>Contig00764_LTR-Cassandra_68

TGTAACATCTCAATTTCTGGTATATATGGAAACATATGTGGGAGAGGTTAAAAGAATTGATTTGGCTACCTATGACACCAAAGTGCACTTACTTTTTCGGATAACCATCCAGAAAGAACTTCATGGTTAATCGTGCGTGAGCTGGAGTAGTGGAAGGATGGGTGCCCTACCGGGAATGGATTCATGGTATCGTGTGAGTAAGGAAAAAACACAGGAAACGGTCATGTGGTGGTTGCAGGGTTAGTATATCATGACTTTCGAGCCTCCCGAATAACGCACAGACCGTCGGACAGGGATGGGGCCCACGAGCCCGACAGAGGGATGGGTGACTCACCGGTAGGGGCGGTTGGGGCGTTATA

Isatis indigotica (v1.0)

ID:

Contig00764_LTR-Cassandra_69

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

347

Start:

50518  

End:

50864

Strand:

+

>Contig00764_LTR-Cassandra_69

TAACATCCCAATTTCTGGTATATATGAAAACATATGTGGGAGAGGTTAAAAGAATTGATTTGGCTACATATATCACCAAAGTGCACTTACCTTTTCGGTTAACCATCCAGAAAGAACTTCATGGTTAAGCGTGCTTGAGCTGGAGTAATGGAAGGATGGGTGAGGTGGTTCGCGGTATCGTGTGGGTTAGGAAAAAATACGGGAAACAGTCATGTGGTGATTACAGGGTTAGTATATCGTGACTTTCGAGCCTCCCGAATAACGCACCGACCGTCTGACAGGGGTGAGGCCCACAATCCCGACAGAGGGATGGGTGACTCACCGGTAGGGGCGGTTGGGGCGTTATA

Isatis indigotica (v1.0)

ID:

Contig00767_LTR-Cassandra_70

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

344

Start:

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Strand:

+

>Contig00767_LTR-Cassandra_70

TGTAACATCCTGATTTCTGGTATATATGGAAACATATGTGGGAGAGGTTAAAAGAATTGATTTGACTACTTATGTCACCAAAGTGCACTTACCTTTTCGGTTGCACATCCAGAGAGAACTCCAGAGTTAAGCGTGCTTGAGTTGGAGTAGTGGAAGGATGGGTGACCTACCGGGAAGTCATTCGTGGTACCGTGTGAGTTAGGAAAAAAACACAGGGAACGGTTATGTGGTGATTGCAGGGACAGTATATCATGACTTTAGGGCCTCCCGAATAACGCACCGACCGTCGGACAGGGGTGGGCCCAATGGGCCTAATGAGAGGACATGTGGGCCTAGTGAGAGGC

Isatis indigotica (v1.0)

ID:

Contig00767_LTR-Cassandra_71

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

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Start:

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Strand:

+

>Contig00767_LTR-Cassandra_71

TGTAACATCCCGATTCCTGGTATATATGGAAACATATGTTGGAGAGGTTAAAAGAATTGATTTGGCTACCTATGTCACTAAAGTGCACTTACCTTTTCGGTTGCACATCCAAAGAGAACTCCAGAGTTAAGCGTGTTTGAGCTGGAGTAGTGGAAGGATGGGTGACCTACCGGGAAGTCATTCGCGGTACCGTGTGAGTTAGGAAAAAACACGGAGAACGGTCATGTGGTGATTGCAGGGACAATATATCATGACTTTAGGGCCTCCCGAATAACGCACCGACCGTCGGACAGGGGTGGGCCTAATGGGCCTAATAAGAGGATATGTGGGCCTAGTGAGAGGC

Isatis indigotica (v1.0)

ID:

Contig00769_LTR-Cassandra_72

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

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Start:

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Strand:

+

>Contig00769_LTR-Cassandra_72

TGTAACATCCCGATTTCTAATATATATGGAAACGTATATGGGAGAGGTTAAGTAAATTGATTTAGCTACCTATGTCACCAAAGTGCACTTACCTTTTCGGTTACACATCCAGAGAGAACTCCAGAGTTAAGCGTGCTTGAGCTGGAGTAGTCAAAGGATGGGTGACCTACCGGGAAGTCATTCGCGGTACCGTGTGAGGACA

Isatis indigotica (v1.0)

ID:

Contig00769_LTR-Cassandra_73

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

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Start:

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Strand:

+

>Contig00769_LTR-Cassandra_73

TGTAACATCCCGATTTCTAGTATATATGGAAACGTATAAGTGAGAGGTTAAATAAATTGATTTGGCTACCTATGTCATCAAAGTGCACTTACCTTTTCAGTTGCACATCCAGAGAGAACTCCAGAGTTAAGCGTGCTTGGGCTGGAGTAGTCAAAGGATGGGTGACCTACCGGGAAGTGATTCGCGGTATCGTGTGAGTTAGGAAAAAACACGAGGAACGGTCATGTGGTGATTGCATGGTCAGTATATCATGACTTTCGAGCCTTCCGTTAACGCACCGACCGTCGGACAAGGGTGGGCTCAATGGGCCTAATGAGAGGACATGTGGGCCTAGTGAGAGGC

Isatis indigotica (v1.0)

ID:

Contig00792_LTR-Cassandra_74

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

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Strand:

+

>Contig00792_LTR-Cassandra_74

TGTAACATCCCGATTTCTGGTAGATATAGAAACATATGTGGGAGAGGTTAAAATAATTGATTTTGCTACCTATGTCACCAAAGTGCACATACCTTTTCAGTTGCATATCTAGAAATAACTCCAGAGATAAGTTTGATTGGACTAGAGTAGTCAAAGGATGGGTGACCTACCGGGAAGTGATTCGCGGTACAGTGTGAGTGAGGCCAGAACACAGGGAACAGTCATGTGGTGATTGCAGGGTCAGTATATCATGACTTTCGAGCCTCCTGAATAACGTACCAACCATCGGACAGAGGTGGGGCTGATGAGCCTGATAGAGGGATGGGTGACTCATCGGTAGGGGCGGTTGGGGAGTTATA

Isatis indigotica (v1.0)

ID:

Contig00792_LTR-Cassandra_75

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

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Start:

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Strand:

+

>Contig00792_LTR-Cassandra_75

TGTAACATCCCGATTTCTGGTATATATGGAAACATACGTAGAAGAGGTTAAAAGAATAACTTTGGCTACCTATGTCACCAAAGTGCATTTACCTTTTCGGTTGCACATCTAGAAAGAACTTCAGAGTTAAGCGTGTTTGAGTTGGAGTAGTCAAAGGATGTGTGACCTATCGGGAAGTGATTCGCGGTACCGTGTGAGTGAGGCCAAAACACGGGGAACGGTCATGCGGTGATTGCAGAGTCAGTATATCATGACTTTCGAGCCTCCCGAATAACGCATCAACCGTCGGACAGGGGTGGGGCCCACGAGGCCGATAGAGGGATGGGTGACTCATCTGTAGGGGCGGTTGGGGCGTTATA

Isatis indigotica (v1.0)

ID:

Contig00793_LTR-Cassandra_76

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

173

Start:

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Strand:

-

>Contig00793_LTR-Cassandra_76

TAACGCCCGAACCATCCCTACCGGTGAGTCACCCATCCCTCAGTCGGGCTCATAGGCCCCACCCCTGTCCGACCGTCGGTTCGTTATTCGGGAGGCTCGAAAGTCATGATATACTGTCCCTGCAATCACCACATGACCGTTCCCCGTGTTTTGACCTCACTCACACGGTACCG

Isatis indigotica (v1.0)

ID:

Contig00809_LTR-Cassandra_77

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

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Start:

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Strand:

-

>Contig00809_LTR-Cassandra_77

AACGCTCCCGACCGTCCCTACCGGTGAGTCACCTATCCCTTTATCGGGTTCAGGGGCCCCACCCATGTCCGACGGTCGGGGCG

Isatis indigotica (v1.0)

ID:

Contig00809_LTR-Cassandra_78

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

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Start:

26127  

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Strand:

+

>Contig00809_LTR-Cassandra_78

TGTAACATCCCGATTTCAGGTATATATGGAAATATGTGTGGGAGAGATTTAAAGAATTGATTTGGCTACCTATGTCACAAAAGTGCACTTACCTTTTCGGTTGCACATCCGGAGAGAACTCCAGAGTTAAGCGTGCTTGAGCTGGAATAATCAAAGGATGTGTGACCTACCGAGAAGTCATTCGCGGTACCGTGTGAGTTAGAAAAAACACAGAGAACGGTCATGTGGTGATTGCATGGACAGTATATCATGACTTTCGAGCCTCCCGGCTAAAGCACCAACCGTCGGACAGGGGTGGACCCAATGGGTCTAATGAGAGGACATGTGGGCCTAGTGAGAGGC

Isatis indigotica (v1.0)

ID:

Contig00809_LTR-Cassandra_79

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

101

Start:

26538  

End:

26638

Strand:

-

>Contig00809_LTR-Cassandra_79

ACCGAAAAGATAAGTGCACTTTGGAGACATAGGTAACCAAATCAATTCTTTTAACCTCTCTCACATATGTTTCCATATATACCAGAAATCGGGATGTTACA

Isatis indigotica (v1.0)

ID:

Contig00815_LTR-Cassandra_80

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

117

Start:

54100  

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54216

Strand:

-

>Contig00815_LTR-Cassandra_80

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