ID Class Order Superfamily Length Start End Strand View
scaffold140|size241992_LTR-Caulimovirus_61 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus2857222317225173+
scaffold140|size241992_LTR-Caulimovirus_62 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus499225369225867-
scaffold145|size92653_LTR-Caulimovirus_63 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus2437431074552+
scaffold145|size92653_LTR-Caulimovirus_64 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus1627494075101+
scaffold145|size92653_LTR-Caulimovirus_65 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus4327633176762-
scaffold145|size92653_LTR-Caulimovirus_66 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus2187837878595-
scaffold147|size90508_LTR-Caulimovirus_67 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus16921873820429-
scaffold14|size2922549_LTR-Caulimovirus_68 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus1704318943358+
scaffold14|size2922549_LTR-Caulimovirus_69 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus239325565325803-
scaffold14|size2922549_LTR-Caulimovirus_70 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus1075325809326883-
scaffold14|size2922549_LTR-Caulimovirus_71 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus293326900327192-
scaffold14|size2922549_LTR-Caulimovirus_72 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus3262670078673339-
scaffold14|size2922549_LTR-Caulimovirus_73 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus594673407674000-
scaffold14|size2922549_LTR-Caulimovirus_74 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus105674001674105-
scaffold14|size2922549_LTR-Caulimovirus_75 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus692674103674794+
scaffold14|size2922549_LTR-Caulimovirus_76 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus150674914675063-
scaffold14|size2922549_LTR-Caulimovirus_77 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus283675132675414+
scaffold14|size2922549_LTR-Caulimovirus_78 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus40216773741677775-
scaffold14|size2922549_LTR-Caulimovirus_79 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus530416779491683252-
scaffold14|size2922549_LTR-Caulimovirus_80 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus49416879641688457-

< 4 5 6 7 8 > Total 32


Boechera retrofracta (v1.0)

ID:

scaffold140|size241992_LTR-Caulimovirus_61

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

2857

Start:

222317  

End:

225173

Strand:

+

>scaffold140|size241992_LTR-Caulimovirus_61

AATATTTATTAAAATTAAAGGATATAGTGTATCAAGAAAATCAATTACAAAATCCACAACCGTTTAGCTTAAATAAAATAATTGAAAAATATTCATCTCAAAGTTTATTTAAACAGGTAAGTACAGGAGAATTACAAAGCAAAATTAAAAAATTAAAAACCGAAATCAAAGAATTACAGCTTGCAGTTAATCAACAAAATTTAAACCAACTACAAATAGATGCTCGATTAAATCTATTAGAAGCAACCAATTCTCAAGCCTCAACAAGTAATCAACATTTTGAAGAAGATAACAATTACATCTAAAATATTAATAAGATAAATTATCAAAAATTGTATACTAATATTACTTTACCCATAGGACCCGATTTTCAAATAAATACAATAGCTTTAATAGATTTCGGAGCAGAGTATAACTGCATTCGTGAAGGATTAATACCAACAAAGCATTATGAAAAACAACTGAACGCTTAAGTGGCACTAACGGAAGTAGCTTAAAGGTACAATACAAATTACCAGTATAAAAATATGTAATCAAAGATATTGCTTTAAAAATCAATTTATATTAGTAAAGAACCTAATCCAAGAAGTTATATTAGGAACTCCTTTTCTTACTCAAATCTATCTATTTAAAGTAACAAAATTAGGCATAATAACAGAAGTAGTAGGAACAAAATTATCATTTAATTGCCTATCACCCATGAAATCTAAAGAAATTTTATATTTTTAACAAAATACAATTCAAAAGGTAATAAATTTGATAAATAGTAAACAACAGCACATTCAATATTTACAATATGAGATAACTTATAAAAAAATTGAAGGACAACTTCATACACCCCGTGTTCAAGAAAAAATAAAAACAATAGAAAAAGATTTATTAAACCAAGTATGCTCAGAATTACCAAATGTATTTTGGAAAAGAAAACAATATTGTGTTCAACTCCCATATATAAAAGAATTTAATGAAAAACATATATCAACTAAAGCACGACCAATTCAAATGAATAAAAAATTATTAGAACACTGTAAACAAGAAATCAATGATTTGTTAAAGAAAAAACTTATTAGGTCTTCCAAGTCTCCTTGGAGTTGTTCGGCCTTTTAAGTAAATAATCAAGCTGAAAAAGAAAGAAGAGTACCACGATTAGTAATCAACTACAAACCACTTACTGATGTATTACAATGGATTAGATATCCAATACCTAATAAAAGAGATTTGCTAAAAAGACTTTATGATGCAAAAATTTATTCAAAATTCGATATGAAAAGTGGATTCTGGCAAATTCAAATTAATGAACAAGACAAATACAAAACAGCATTCACAGTCCCATTCGGACATTATGAATGGAACGTAATGCCATTTGGACTTAAAAATGCACCTTCAGAATTTTAACACATAATTAATGATATATTCAATAATTATTCAAAATTTTACCATTGTTTACATTGATGATGTATTAGTCTATTCACAATCCATAGATCAACATGTTAGCCATTTATATACATTTTTAAATATAATAAAAAAACATGGATTGGTCTTATCTGCTAAGAAAATGAGTTTATTCCAAACAAAAATTAGATTTTTAGGGCATAACATATACCAAGCAACAAAAACACCAATAGCAAGGTCTATAGAATTTGCAGACAAATTTCTAGATGAATTAAGAGAAAAATCCCAATTACAAAGATTTTTAGGATGTCTAAACTATGTTTCAGATTTCCTTCCAAACCTTAGAAAAACTATCCAGCCTTTATTTCAGCGATTACAGAAAAACTCTAAACCTTGGACCGACACCCATACAAGTCTAGTCCGACAAATTAAACAAAAAGTCAAAACTTTACCATGTCTAGCAATACCACATTCCGAAGCCAGTATGATAGTAGAAACAAATGCCTTTGAGAAGGGTTATGGTGGTATACTAAAACAAAAACTACCAACCTTTACTCAAGAGTCTATAGTTAGGTTTCATTCTGGTATCTGGCTAGGACCCCAGAAAAACTATTCTACCGTTAAAAAGAAAGTTCTTTCTATCTTCAATTGCATTTCAAAATTTCAGGATGATCTGATTAACAAAAAAAATTTACTACGAGTTGACTGTAAGTCAGCAAAATAAATTCTTCAGAAAGATGTTAAAAATTTAGTTTCAAAACAAATTTTTGCTAGATGACAAGCTATTTTATCTGTTTTCGATTTTGATATTCAATACATTAAAGGAGAAAATAATTATTTACCAGATTTTCTAACTAGGAAATATTTACAGGGCAAAACAAGTAATATTCAACAAAATATTCAAGATGAGTAAATCAAAGAACAAAAAACCGATGACGGCATCGGATTACATCAAAAATCAGCCCCATCTCCAGGATAAACCACTTACTACGCAAAACCCTTTCTCGGCACTCGCCGAATTTCCACATTATCTTATTCCAAAGCGGCATCATCAGACAAAGGTCAACCTTCATCAACACTTGCTCAGGCTTCTACCTCATCACCAACCAAGTCAACCTATTACTCAAAACAGCAAAAACAACACCTTATGACTACCCAATTCACCAAAACAATTACCCTCAAAGAACTCCAACAATTTACCAAAAGAGTCTTCTATGATGGCAGTCTCTACCTTACCGACAACCTCACCAAAAACCGTATTTTTTATGAGTATATTCTAGTAGACTCTAAATCAGTCGAGATTACCTATTATCCAGACAAAATTAACCTTAACCTCATTTCCTATTCTACTTGCAAAATTCTTAAAATCGATTCTATTCAGGACCTCGGCTTTATTCACCATCATACCCAAAAATCTTTTTCCACCCCCGGCTATCATATCCCGGGGTATACCTACATTGATTAC

Boechera retrofracta (v1.0)

ID:

scaffold140|size241992_LTR-Caulimovirus_62

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

499

Start:

225369  

End:

225867

Strand:

-

>scaffold140|size241992_LTR-Caulimovirus_62

TTATCCCTTAATAACATTAATATGGGTGAATCAATTCTAGCTTTTGATAATGGTTTAATAGCTATTTGAACAAGTCCAAAATGAATATAACTAAATCCCTTTTGTTTATATTTTTCTAAAGCGATTGATGATAATAATTTTATTTCTTCAAATTCATTCTGTAACGATAAGGTTTGTTCGTGTTCTTTTATTGCATACGCTGTTTTGAAATCAAAAGTACCAATTTGATATATGTTATCTAGGTTTATATGTGGTAATTGGTTTTTTGATAATTCACTATTTAAAGAGGTTATTTTTGATATAATTTCTCTCGAATTTATTGTACTATGAGATGCAGATGATGCATGCTTTGATTTAAAAAATTTCTTAATAGACAACGCTATGTTTTAAAACTAAGTTCAAACTTAAGCTAGAGGATACTAACCGGTTTCTTCGATGACACAACTGCGGCTTACCAACGGTCTTACGGCCTAACTCTAGGACTTGCGGCCTGGAACAC

Boechera retrofracta (v1.0)

ID:

scaffold145|size92653_LTR-Caulimovirus_63

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

243

Start:

74310  

End:

74552

Strand:

+

>scaffold145|size92653_LTR-Caulimovirus_63

TTTGAAACAATTCATTTATTTTCAGAATATGCTTTACAAAGACATAAAGAAAAGAATTTCAAATACATACCTATTGGTTTAGTCCAAGTCGGTATTAAACCACTTTCAAAAGAAGGTCTTAACACCTCAATACTAGTTATCTTAAGAGATACTAGATTTAAATTATTTGAAGATTTTTTACTTAGCTCTATAGAATCAAGTTTATGTGCTGGCCCAATATCTTTTGATTGCTATCCAAATTTT

Boechera retrofracta (v1.0)

ID:

scaffold145|size92653_LTR-Caulimovirus_64

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

162

Start:

74940  

End:

75101

Strand:

+

>scaffold145|size92653_LTR-Caulimovirus_64

AATCTTAAATGTAAAAAACTAAGTGATTTCCAATGGTACAAAACACTTTTTTTACTAGGGTCTTACTCCGACAAGATTCAAACTAACCCTTTTGGAAAGAAAAATTTCTTGCAGGACTTCCAACACTTTTAGGAGAAAATGTTAGAACAAATATTAGAGAGT

Boechera retrofracta (v1.0)

ID:

scaffold145|size92653_LTR-Caulimovirus_65

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

432

Start:

76331  

End:

76762

Strand:

-

>scaffold145|size92653_LTR-Caulimovirus_65

GTTTTATATCGATCATTTTCAGATATTTGGATTTGCCAAAATCCCGACTTTAAATCGAATTTTGAAAATATATGTTCAGAATGAAGTTTTAGAAGGAGGTGTTTTTTTTATTAGGAGTTGGATATCTAATCCATTTTAATGCTGAATTTAACGGTTTGTAATTTATTACAAGTCTTGGAGTTCCTCTTTCTATTTCATAATTTTTGTTTACATAGAAAGCAGCACAAGACCATGGAGATCTTGACTTTGAAATTATTTTTTTGCTTAGAAGTTCTGAAATTTCTTTCTTACAATGACTCTCTAAATCAGAGTTCATCTGAATTGGTCAAGCTTTTGTAGGAATTTCTCTTTTATCAATTTTTCTTCATAGAGTAGATCAACAATGTGTTGTTTTCTATCCCAGAAGACAGGTGGTAAATCTGAACATAATTG

Boechera retrofracta (v1.0)

ID:

scaffold145|size92653_LTR-Caulimovirus_66

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

218

Start:

78378  

End:

78595

Strand:

-

>scaffold145|size92653_LTR-Caulimovirus_66

TGGAAGTTCTGCAATAAATTTTTCTTTCCAAAAGGGTTGGTTTGAATCTTGTCGGAGTAAAACACTAGTGAGAAAGGTGTTTTTGTACCATTGGAAATCACTTAGTTTTTTACATTTAAGATTTGAAAGAAGTTTTGCATTTTTATCTCTAAGTACTGAAGGATTTCCTATGAAATGAAGAGTTATAGCTAAGACTAGAGTTGCTACAGCATTTTGTT

Boechera retrofracta (v1.0)

ID:

scaffold147|size90508_LTR-Caulimovirus_67

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

1692

Start:

18738  

End:

20429

Strand:

-

>scaffold147|size90508_LTR-Caulimovirus_67

TTATCTAAATTATCTAATCTTGAAGCTATTGTTTTTAAAATTGATTTCTTGAAAGTTATTTTGTTGATAGATAGGTTTAATATCATTTACTTTTACAGGTTCTTTATCTTCTCAATTGGGTCCTGTTTTAAAAGGAGTAGCAATAATTTGCCTATCAGCAGTGTTTATTTTTAAATCTGTTAATGGGGAATGAACTGATTTAATTTTATTTCCATTTAGTTGTTCCCATGTCTGACTTAAAGATGAGCTAGTATTTATAAATTTGAAAGGATAATCGATATTAGTTTCAATAGAGTAAGTTTTCAAACCATATAAAAAATGGAATGGTTACTTCTTTCATTGTCATTACTTCATACCATATTTCTTTGAAGTGAGTGATTTGTTTTTGGGAAATTGTTTTAAAATACCATTCTCGTTTTTCTTTATTGTTTATTGAATAAAATTCTTCTTTAAGGTATTGTTTATCAATTTCGAAGTTTTTATTTATAACATTTATTGATTTAAAATCTTATGGAGTGGGTGATGTGGGATACATGTTGATTTGGTTTAGCTATAGGTGCTTTAAACTTAATTGAATTATCTTGTTTAATATTTTGATTTATGCTTTCAGCATCAGATTCAGTACTATCTTGACCAGTTCGATATTCTGAAAAAGAGGCTCTTGAATGATAAGAATTTATTCTTGGCGGTGCTAGAGGTTCTCTAAATGAGTTAAATTGTAATAATATTTTTCCATCATTTTTTTCAATAATTTTTGAGATATTTCTTTGTTCAAAGTTTCTAAGAGGTTGCGTAATATCGATTTTCCATTGATCTGGAATAGTTATTTCATTCCATTTTAATTGTTGGGGTGCATAGATAGCATTTGGTGTACCTTTACTATGTACTGAATAATATCGTGGTTTCTCCTTTATCGTCTTGTAATAAACATTTAGGATTAAATTCAGATGTTGATTGTTTAAAGTATATTCGATATAATAATAAATATCCGTGTCGTTCGTTTTGAAAATTTATTTCTGGTAAATGAACATTTAAAACTAAAGTATTGAGTATTGTTGGATCATGTAAACTTATTTGGAAATTAGGTGCACAATTAAAATAGATTGCTCCATTACATAAGTTTGATTGAACTGCTCCTAAGAGCGAGTCTTCAAATTTTAGTAAAGTTTTGTCTCTTAACAACATCAATATAGGTGAATCAATTACAGTTCTTGATAATGGTTTGATAGCTATTTGAATAAGCCCAAAATGAATATAATTAAATCCCTTTTGTTTATATCTGTCTAAAGCGATTGAAGATAATAATTTTATTTCTTCAAATGCATTTTGTAATGATAAAGTTTGTTCGTGTTTTTTTATTGAGTAAGCTGTTTTAAGATCAAAAGTACCAATTTGATATGTTATCTAGACTTATATGTGGTAATTGATTTTTGGATAATTCACTATTTAAAGAGGTTATTTTTTATATAAATTCTCTTGAATTAATTGTACTATGTGATGCAGATGTTATATGTTTAGATTTAAAGAATTTTTTAATAGATAAAGCCATGTTTTCAAATTAAATCTAAACCTTAAGCTAAGAAGTACTAACCGGTTTCTTCGATGACACAACTGCGCCTTACCAACGGTCTTACTGCCTGAACCTAGGACTTGCGGCCTGGAACACCTACAGTAACAGTGCTTCAGAAGAAG

Boechera retrofracta (v1.0)

ID:

scaffold14|size2922549_LTR-Caulimovirus_68

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

170

Start:

43189  

End:

43358

Strand:

+

>scaffold14|size2922549_LTR-Caulimovirus_68

AAATATTTACACATTGGTTTAGTCCAAGTAGATATTAAATCACTTTCAAAAGAATGGTTAAATACCCCAATCCTAGCTATCTTAAGAGATACACGGTTTAACTATTTTGAAGATTCTTTACTAGTTCTATAGAATCAAGTTTGTGTACTGGACAAATCTCTTTTGATTGC

Boechera retrofracta (v1.0)

ID:

scaffold14|size2922549_LTR-Caulimovirus_69

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

239

Start:

325565  

End:

325803

Strand:

-

>scaffold14|size2922549_LTR-Caulimovirus_69

TTTTATATTTTTTTAGTTGTCTTTTACAATGAGGAGGTGCACACATATTTATAGGAGATGATAATTTCTTACATAAGCGCTTACTTCACGATTACATAAGCACTTACATAATTGAGTATATACCGTCGATTGAGACTATTAGATAGTAATTATACATAATATTTTTTATACCGTTGATTCGTTTAGTGATCAATTTTGGAATCGAGCATGTGTTCATTGCAGCATTTATAGTAGTCATC

Boechera retrofracta (v1.0)

ID:

scaffold14|size2922549_LTR-Caulimovirus_70

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

1075

Start:

325809  

End:

326883

Strand:

-

>scaffold14|size2922549_LTR-Caulimovirus_70

GAGTTGATGGTGCTTGTAACTATCTTCGGGCTATGAGCAATATCGTCTTTGGTGAAGTCTTCGAATGGAGGGAAATTATTTGGTTCGAACTTCATGACTTCAGGAGGGTTTGGTTTTTTTCTTTTCAGAATAAAGGACTAAGAAGTAGTCGTATCGTATTTATTTCCTTCTCCTAAGGTGCCCACCGCTGGATCTCCTTCAAGGTATCGCTTGTAGAGTGGATCTTTTTTTTTTCTTCGTCTTCTACGAATATTTTCATCGGATTCGTAGATGTCTTCTGTACAAGCCATACAAGTGCAGACATCAAAGTATTGATGGCCGTTTTCGTCTTTAAATGGTATATAATTGATCCATCTTGTTCAAAAGAAATTGGCTTAGGATTTTGCTCTTTGAATGGGCCATGGCAGTCTCCTTCATCGATTTGTATGGAGAATTGAGTGAACATTGGTCTTCGACATGAGGAAGAACTTGGTTTCTCAAATTTGAACTCCGTTGTACCATAATTTCTTGAATGAAAGTTGACCTCTGATTGGATTGGACCTTGGGCGGCTTGATGGAGCTTTTCGTAGCTAGTCACCCATGATTCTGGTAGATTCTGTACTAGTTCTTCTCGAGATTTGTCGAAGAATTTGTATAGAATTTGGGGCTTGTAAAGTTGATGTGACTTCAAGAAATAGTATTTCGTGTGATGAAGGTAGAACTAGATCAAAAGCATGATCTTGAACTCGGTAGACAATCTGATGGTGTAGGGTAGCCACCACACTATTTTCTTGCATAGGTGCGCCAACGAGTTGTAGCTGAACTGTAAGTGTCTTTAGGAGAATTGAATCTCTTAAAGATACATTAAAATTAGGAAACAATGTTATGAATATTGTTGCCGCGTTCAAAGTGGTTTGAACCGTTCCAATGTATGCATGTTGGTATGTCTTTTTTCTTGAGTCGATTAAAGATATTCGCTTTGGTAGATTTTTCGGAATATTGAGAGATATGAATTGTTCTTTTTCGATAGTTGGAATTTGACAAGAAGAGAACTTGCTGGATCGAACATATTCCTTGACTTTTCAATTTGAGGATG

Boechera retrofracta (v1.0)

ID:

scaffold14|size2922549_LTR-Caulimovirus_71

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

293

Start:

326900  

End:

327192

Strand:

-

>scaffold14|size2922549_LTR-Caulimovirus_71

AACTCCTCGAACAGAGAAAAGATTGGGTTTTCTGGCAAATATTTCATAAGGATTTACGAGAGGAAGTGTTGTTTCTGGCATTTGATCTTTTGGAACATACTCAACCTCATAAAGCGAATCAATTTTGGAAGTTGAGGCATGATTTTTGCTTTTTGGTAAAGTAGAAATTGCAAATGGAGAATCATCATAGAAGGTTTAGATATGATGAGGGAAATGTTTTCTAGAAACTCTAAACAATCATTCATAAACAATGATTCAATTTAACATAACACAAGTCTTGCGCTCTGATACCA

Boechera retrofracta (v1.0)

ID:

scaffold14|size2922549_LTR-Caulimovirus_72

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

3262

Start:

670078  

End:

673339

Strand:

-

>scaffold14|size2922549_LTR-Caulimovirus_72

AAGGGATAGATTTGGAGACAACTTTGATGGCGGTGTGGAGTTGATGATGAATTTCGAAAAATTTGAAGATGTTGGTTAGAGAACACCGGGTAAGGTTAAATTTATCCCACCACTTGATAAGGAATTCACGTATAAGTGAGTAGGACATATCTTGCAGATGGAGAGCAAGGTAAAAATGTCATGAACAGATCCAAGGAATGCCCATGTCAGTGTGGAAGGAGATTTTGGATAAGGGTCTGATGGGTTGTTGAGGTAAGTGTTTGAGATAATGGGGAAAAGAGGTTTTGAATATTTCTGGTGGATAAATTAGGTTAGAAGGTCCAAACCAATACCACCATTCGTTAAACCATCCTGGGATTGATTTAGGCCATTTGGGATCAAAGGATAAGAACTAGGAGTGGTCATAAGAGCGAAGGTAAAAGGTACGAGAGAAAGCATTTTGATAATCAACATAAGTATAGCCTGGAATATGAAAGCCAGGGTTGGAAAATGGTTTTTGGGTATGGTGATGGATAAAACCAAGGACTTGAATAGAAGCGATTCTAAGGATTTTACAGGTGGAATAAGAAATGAAGTTAGGATTGGTGTTGTCTGGATAGTGGATAATTTCTATGGATTTAGAGTCTACTAGAATATACTCGTAAAAGATGCGGTTTTTGATAAGATTGTCGATAAGGTGGAGACTATCATCATAGAAGACTCTTTGGATAAATTGCTGGAGTTCTTTGAGAGTAACTGCTTTGGTAAACTGGGTAGTCAAAAGATGTTGTTTTTGTGGTTTGGAATAATAGGTTGATTTGGTTGATGGCTGAGTGGAAGCTTGAGTATTTGATGCTGAGGCTTTGTCTTTGTTTGTAGATGCTGCTTTTGAATAGGATAATGGAAGAAATTCGGCGAGTTCCGAGAAAAGGTTTTGTATAGTAAGTGGTTTGTTCTGGAGATGGGGCTGGTTTTTGATATAATCTGATGGTGTCATCGGATTTTTGTTTTTGGATTCACTCATCTTGAATAGATTGTTGACTATCACTTGTTTTGCCCTGTAAATATTCTCGAGTTAGAAATCAGGTAAAAAATTATTTTCTCCTTTAATATATTGAATATCAAAATCGAAAACAGATAAAATGGCTTGCCATCCCTTTGTAAAATTTCTTTTGCTGACTTACATTCAACTCGTAGTAAAAACTTTTTGTTGATTAAATCATCTTAAAATTTTGAAATACAATTGACAATAGAAAGAACTTCCTTTTTTATGGTAGAATAGTTTTTCTAGGGTCCTAACCAGATACCAGAATGGAACCTAACTCTAGACTCTTGGGTAGAGTTTGGTAGTTTCTGTTTTAGAATACCACCATAACCTTTTTCAGAGGCATCGGTTTCTACTATCATATTGGGTTCAGGGTTTGGTATGGATAAACAAGGTAAGGTTTTGACTTTTTGTTTAACTTGTTTGACGAGGTTTGTGTGGGTATTGGTCCAAGGTTTGGGGTTTTTTTGTAAACACTGAAATAAGGGTTGAATGGTTTTTCTAAGGTTTGGGAGGAAATCGGAAACATAGTTCAAACATCCTAAAAATCTTTGTAATTGGGATTTATCTCTTAATTCATCTGAAAATTTATCTGCAAATTCTATACATCTTGATATTGGTGTAATTATATTTTGATATATGTTATGGCCTAAGAATCTGATTTTTGTTTGGAATAAACTCATTTTTTAGCGGATAAAACTAATCCGTGCTTTTTGATTATTTTAAAAATGTGTATAGATGACTAATATGTTGATCTATAGATTGTGAGTAAACTAACACATCATCAATGTAGACAATGGTAAATTTTGAATAATTATTGAATATATCATTAATTATATGTTGAAATTCGGAAGGTGCAGTTTTTAAGTCCAAATGGCATTACGTTCTATTCATAATGACCGAATGGGACTGTGAATGCTGTTTTGTATTTATCTTATTCATCAATTTGGATTTGCCAGAATCTGCTTTTCATATCAAATTTTGAATAAATTTTTGCATCATAAAGTCTTTTTAATAAATCTCTTTTATTAGGTATTGGATATCTAATCTATTGTAATACATCATTAAATGGTTTATTGTTAATTACTAATTGTGGTACTCCTCGTTCTTTTTCAGCTTGATTGTATACATAAAAGGCCGAACAGCTTCAGGGAGATTTGGAGGGCCTAATAAGTTTTTTTCTTTAATAAATCATTGATTTCTTGTTTACAATGTTCTAATAATTCTTTATTCATTTGAATTGGTCGTGTTTTAGTTGGTATATGTTTTTCATTAAATTTTTTTATATATGGGAGTTGAACACAATATTGTTTTCTTTCCCAAAATGCATTTGGTAATTCTGAGCATACTTGTTTTAATAAATATTTTTCTATAGTTTTTATTTTATCTTGAATACGAGATGTTTGAAGTTGTTCTTCTATTTTTTTATAAGTTATTTCATCTTGTAGGTATTGAATATGTTGTTGTTTACCATTTATCAAATTTATTACCTTTTGGATAGTATTTTGTTGAAGATATAAAATTTCTTTAGATTTCATTGGTGATAAGAATTTAAATGATAATTTTGTTCCTACAACTTCTGTTATTATACCTACTTCTGTTACTTTAAATGGATTGATTTGCGTAAGAAAAGGGGTTCCTAAGATTACTTCTTGGGTTAGATTTTTTACTAGGATAAATTGATTTTTAAAGCAATATCCTTGATTACATATTTTTACATTTGGTAATTTGTATTGTACCCTTAGATTACTTCCGTTAGCGCCACTTAAACGTTCGGTTGTTTTTTCATAATACTTAATTGGTATTAATCCTTCACGAATGCAGTTATAATCTGCACCAGAATCTATTAAAGCTATTGTATTAATTTGAAAACTCTGTCCTATATGTAAAGTAATATTTGTATACCATTTTTGATAGTTTATGTTATTAATATTTTGGATATAATTTTTTTTTCTTTTAAATGTTGATTACTTGTTGAAGCTTGAAATTTCGTTGTTTCTACTAGTTTTAGTCTAGCATCTATTTGTAATTGATTCAATTCTTGCTGATTGACTGCTAGCTGTAAATCTTTTATTTGGGTTTTTAATTGTTTGATTTCGCTTTGTAATTCTCCGATAGTTACTTGTTTAAATAAACTTTGAGTTGGATATTTTTCAATTATCTTATTCAAACTAAACGGTTGTGGATTTTGTAATTGATTTTCTTGATATACTATATTTTTTAATTTTAGTAAATATT

Boechera retrofracta (v1.0)

ID:

scaffold14|size2922549_LTR-Caulimovirus_73

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

594

Start:

673407  

End:

674000

Strand:

-

>scaffold14|size2922549_LTR-Caulimovirus_73

AGTTATAACATTAATTGTTTTACAATTACATAGATTATCTGATAACTCTTGAGATTTTGTAAAAGAATCACTTGAGTATTCTATATCGTTTATTGAATAATTGCTTTCAGTCTCACTAAATGATTCTGAATCAGATAATAATAATTTAGTTAATTTTTCTTGTATATCAGGTTGATCTTGAAATATTTCATTGATTTTCTTTTTCATTTTACATTCTTTAGATGTATGACCAGGTTTCTTAAAGTTCCAGCAAACTATTTTTTGTTTTGGTTTATAATTTTTTGAATAATTTTTTTTTAGAATAATATTTATTATTTGGTTGTTGATTATATTGTTTATATTTTCTATGGTGTTTACTGCTTCTTTGTTTGTATTGTATACGTTTTATTCTAGAGGGTGGATTAAGTCTATTATAACCATATTGTTCACATAATGAATCCACAGTTAAGTTGAATTTAAAATTTTTGCTTCGTTTTTATCTTTATGTTCTTGACATATTGATAATCCTTCCTTTTTTACAAATGCAAATAATTGTCCATACGTTATGGTATTTCAGGGGATTGGTTGTCCTCCAGAATAATCTTTTAATTTGTT

Boechera retrofracta (v1.0)

ID:

scaffold14|size2922549_LTR-Caulimovirus_74

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

105

Start:

674001  

End:

674105

Strand:

-

>scaffold14|size2922549_LTR-Caulimovirus_74

GTTTTATCTCTTAATAACATTAATATGGGTGAATCAATTCCAATTCTTGATAATGGTTTAATAGCTATTTGAATAAGTCCAAAATGAATATAATTAAATCCTTTT

Boechera retrofracta (v1.0)

ID:

scaffold14|size2922549_LTR-Caulimovirus_75

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

692

Start:

674103  

End:

674794

Strand:

+

>scaffold14|size2922549_LTR-Caulimovirus_75

TTTAGACAAATATAAACAAAAGGGATTTAATTATATTCATTTTGGACTTATTCAAATAGCTACTAAACCATTATCAAGAATTGGAATTGATTCACCCATATTAATGTTATTAAGAGATAAAATATTACTAAAATTCGAAGACTCGTTCTTAGGAGCAGTACAATCAAATTTATGCAACAGAGAAATCTATTTTAATTGTGCACCCAATTTTTAAGTAAGTTTACACGATCCAACAATACTCAACACTTTAGTTTTAAATGTTCATTTACCGGAAATTAAATTCCAAAATGAGAGACATGGGTATTTATTACTATATCGAATATATTTTAAACAATCAACATCTGAATTTAATCCTAGATGTTTATTACAAGACAATAAAATAGAAACTACAATATTATCGGTTCATAGTAAAGATACACCAACTGCTACCTTTGCACCTCAACAATTAAAATAGAATGAAATAACTATTCCAGATCAATGGAAAATTGAAATTACACAACCTCCCAGAAATTTTGAACAGAGAAACATTTCAAGAATTATTGAACAAAATGATGGAAAAATATTATTACAATTTGGCTCATTTAGAGATCCATTACCACCTAGAATAAGTTTTTATCACTCGAGAGCTTCTTTCTCGGAATATCGTACTGGCCGATCTAGTACATAATCAGATACTAAAAGTATAAACAAAA

Boechera retrofracta (v1.0)

ID:

scaffold14|size2922549_LTR-Caulimovirus_76

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

150

Start:

674914  

End:

675063

Strand:

-

>scaffold14|size2922549_LTR-Caulimovirus_76

GGCCGCCGTAGGGATCGTTTTCTTACATAATGTCTTCATCGTCGGAAGATTCCATTTGTTGACGAAGGACGTCGAGAATTTTGTTGAGTTTATATTTTTTAGACGACCGTTTAGTGGTGGAAGAGCCGGTATAATGTGTGGGGCTAGACG

Boechera retrofracta (v1.0)

ID:

scaffold14|size2922549_LTR-Caulimovirus_77

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

283

Start:

675132  

End:

675414

Strand:

+

>scaffold14|size2922549_LTR-Caulimovirus_77

GGTATTGGTTCGGACCTTCTGACCCAATTTATCCACCAGAAATACTCAAAACCTCTTTTTCCCATTATCTCAAACACTTACCTCAACAACCCATCAAATCTTTATCCAAAATCTCCTTCCACACTGACATGGGCATTCCTTGGATCTGTTCATGGCATTTTAACCTTGCTCTCCATCTGCAAGATATGCCCTACTCACTTATACGTGAATTCCGTATCAAGTGGTGGGATAAATTTAACCTTGCCCGGTGTTCTCTAACCAACATCTCCAAATTTTTCGAAAT

Boechera retrofracta (v1.0)

ID:

scaffold14|size2922549_LTR-Caulimovirus_78

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

402

Start:

1677374  

End:

1677775

Strand:

-

>scaffold14|size2922549_LTR-Caulimovirus_78

ATCGCTAACTTGTGTTTGAAAGAACGAAATAAGGGTTATGAAGATGTTGAGATCTAGAAAACTTAGAGAGGATTTAGAAACTCACTTAGATAGAGAAAACTTAGAGAGAGATTTTTTATTAGAAAATAACTTGTTTCTTACATCGAAGGGTACATCCATATTTATAAGGGAGGATTAAGTCGCTTACATCAGCGGTTACCTCATTCTTATTCTAGATATTTCTACTAGTGCTGACGTCATGCATGACATAATTCTTATATTATTTATTTTACATAATTACAATTTCTTAGTGGATTTCTTACTGGGCTTCTTGTTGGACCTCTTGATGGGCTTCTAATGATCCATCTCAAACTCGAGGATATGTTCTTCACAGCAGTAATGTCCATAGCTAGGGCATTCGTA

Boechera retrofracta (v1.0)

ID:

scaffold14|size2922549_LTR-Caulimovirus_79

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

5304

Start:

1677949  

End:

1683252

Strand:

-

>scaffold14|size2922549_LTR-Caulimovirus_79

TCTCTTTTGATTCTTCTGCTTTTGCTTCTCTTCTTCTTTTGACATGAAGAACTGGAGATCTTCATCGAGACTCATCTGGTAGTCAAATTCATAAAATGACCAATTTGTCTTGTAAGGAATGGCGAATTTTTAGCTTGTGTTATTGAGGCAGAATGCATGAAGCTGAAAGGATTTAAAAACTTCATTGTCGGTCATGTTTAAATCTGGACGAACTCCTTTGTTGAAAACTTTATGGTGGATCAGTGTAGGCATTACGTAGACCTTTTGTGACTTTGGGTTGATATTGATAGGTCGGTGAAAAAAGTAGATGGTGTGTGGGTTGAAGAACGGGTTGTAGGTGTTGGAGCTCCTTAGTTTCTTGAAAGGGTAGTTTAGTGCTTTTGCTGAGCTGCGGAGTTTAGTGCTCCAAGCGTTCATTGTAGCGAACCATCCTAAGAAGGTGGAAAGACCATTGGCTGCGTATCTGGGGCAGTGTATGTATTAGTATAACCATGGAATATCGAATATAATTCTAATAATATACACCGCACAAAGGTACCAGAGGAAACATATGACTTCTTCTGGTAGATTAGTATTTCGGATCCTATAGAGATGAGCGAACGAATAGTCAGAATGAATTCCAAGTGGTGTGATAATGTGGTTGTCGTCTCCATATATGCACATGATCATGGACTGATATCGAAAATCCTTTGCTTGAGGTGGTTATGTAATGTTCCGGTTTTGATGATGTTTTTTGCATCTTCAAGAATGTTGCTGTTGAAATCATAGAGGCTTCTTGATGAGGAATTAGAACCTTAGCAGCTCGTCATGATGAAGACTGGATTTAGTGGTTTGCGACTAAGCATATCTGTTAGGATGTTCTTCGTGCCCTTTAAATAGGCAGATTCGAAGTCGTACTTCGAAAACCATTCACTTCAACGAAATAGTTGCTGATGTGGCACCATCTTCTGGTTGAATTGTAACATCTTTGGAAAAGATGACATATCCATCTCGATTTTGAATTTATGTCTTATCAAATAGAATTCGAATCTTTCAATAGCTCTTTTGACCGCTAGGATTTTTTTGAACGTATAGTGATAATGCATATCTGACTCCTTGAAACGTCCACTTTTATAAGCACAAATATGTTTTTTCCCGTCAATCTCTTCGAACAATATTGCTCCCCAGTATTTGTCGCTTGCGTTGGTTTGAATAATTCTTTTACCGACAGAGGGAATCTTCAAGGGTGATAGCTTTTGAATTTATAGCTTCAGCTTTTTCACTGATTCAGTTTGTCGTGTACTCCACTATGGATGATTCTTTTGCAACAGTTTTCTCAGTGGTGGTGTCAGCTGGGACAGCCTTGGAATAAATTCGCTGACGTAATTGATTACTCCAAGAAATTATTGCACTTATCGTCTTGTCAGATTTTTATCAGGGAAAGAGAGTAATTATGTAGCTAGATAGGCTTGCGGTGTGAATTTTCCTTCTGTGATCTTGACTCCAAGGAATTCAATTTCTGATTGCATTATGGTCATCTTCTTTGCTGCGAGCATGATTCCATATATTCGAACTAGGTCATGAAATTGCTTCAAGGTCTTGACATAATCATCTTCATTGTCAGAGAATAAGAGAATATTATCGATGTAGATCAATGATGTATGGACCAATGGTTTGAATATCTTTAACATCGCCTGCTGGAACAAAAATGGAGCCGTCTTTAGACCAAAGGGTAGAACTTTCTATTCTAGATGTCGATTCGGTAGACAGAATAACGTCTTGTGTCTTTCTTCTGGTTAACTCCAATTTGCCAAAATCCTGATTTTAAGTCGAACTTTAAGAAAGTGGTTGCTCTTGAGAGATGTTGTAATAACGTCTTTCTTGTACGAAGTGAGAAATTGATATCTTGGAGGAATTGGTTTAAAGGCTTATAGTCAATTACCAGCCTTAGTTTTCCTCTAGCCTGTTCTGCTCTTTTGTTGACGTAGAAAGCTTTGCACGCCCATGTTGAATTTGTTGTTGAGACTATTCCTTGATGAATTAGTTGATCACATTCTTCATTTGCTTGTTGTAAAAGTGTTAGAGGCATCCCTGCATGACTTGCTTTAGTTGGTGTAGTGATGACGTTTTCCTTGAAAGGAAGAGACATGAAGAATGTTGTATTCAACCATAGAGGATTTTGCACTTTTGAAGAAATTCATTGTGTGAATCTGCGCATTAGACCTTTGTGATTTCTTCTTTTATGTTGTCAAACTCCGATAACATGAGTAGGAAAATTCTTGATATTGTTGTGAAAGGCCTGAATGTATTTTTCCACTTAACTCCTCAAGGTTCTATGGAAATGTCGAATTTTTTTATTAGTGCGTAATAGCAATCCCATCCAAGGATGATATTTTTGCCTGATCTGTTGATCCAAGTACTTGAGTTGTAATCTGACATCCTGGGAAAACTTCAATGGTGGTTGGTTTGGACTTGATTTTGATAATTAATGAGCTTGCGTTTGCTACTCTGAATTCTTGATCGTATCGAAGCCACATTGATGACGGTAGGACCTTAGTATTCATGATTGATGTATGGGCTCCAGTGTTTATGAAGGCGATTATGTGGACTGGACACATCTTCTTTTTTGGATCAAATATGGTTAAAGGAAGATGAGGTGTTTCGACGTCGTCTTCTTGTTGTGGAATCTCTGTAATTTTGTAGCATCCTTCTTCTTCTTCTTTAGTATCTGAATATCCACATATAACATCTTCTTCGTCATTGTCATAAGATAGTACTGATTCGAGATCATGTTTGTCGAGATCAAGATCATGTGCAATATTAGATATTGAATTGATGAGAGACTGCTTATTCTTCTTAGATTTATTTAGACAACTTTTTGCGAAATGGCCTTCCTTGTGACAGAAGAAACATCTTGATGTTTTTCTGAAACCTCTTTTCTTCTTGAACTTTTTTTTGCGCTGGAATGAATATTTTCTTGAAAATCTTCTCGGCTTGTGAGATTTCTTGCGATAATCACATGAACATGAATTTTTCTTCGAACATTTGTTAGACAAGTTGGATTTCGAACATACTTTCTTCAGGTGGTTTGAATTGTCCATGAATTCTGACCAGAATTCTTTCTGCTTGCAGAGTTTATCAAGTGTTCTGAAGATGTACTGCTGGATTTGGCCAATAGAGATTTCTTCAACCGTCTGGTTTTAATTTATGATGTAAAACTTCGTTTGTTGGCTTAGATAGTGGATGAAAGGTAGACATGCTTTAGGCTTGCATTGTTGAGTTTGTCGAGTGCATAATATCTCTTTGTCTGTCTTTCAAAGTATTTTGCGAGATCTTTTTTCTGGAGAGAACAACATTTTGCTGCGAAATATTCTTCTTGCAATTGATCTCCGATATGATTGGGAGTGCCGATGAATTCTCTGTGGATTTTGCCGAGTAAAACACCGGAATAGTAATATGGTAGACTTGTCTTTGCCTGTAGTCTCCAAGAGAATTCCACCATTCTTTCAAATTCTCTAGAAAGCCGAGCAGTGAACTTTTGTATGACAATATGTGTTGGTGAGATAAGAGCTTCATAAGTCATCCATGCATGAAACTCATCGAGGCGTTCATTCCATTTGTGAAAAGGAATATAGTCAAATGTGAATGTAATGACTTTTGAAGCAAATTGTCTCGCTTGTCTGGGATCTTCTTGGAATTGATGGTCATGCATCTCATCGTCACTGAGTAATTCATCTATATCAGTATCTTTTTTAGGGCGACTACTTTCTCCTATGGCAAAATGATTTGGTAGTGATTTGTCATTTTCTGTGGTTATATCTTCGCCAGATGAGCTTGTATCAGACAGATAATTAATCATTGGAAGGTAATTAGCATCTTTGATCTGGGAAGAATAAACTTGAGGTTTTTCTTCTTCTTTGGCTGGTACTTGAACTTGGTATGCTAATGAATTAAGCGGATTAGTCATTGAGAACTAAATTATTCCAAAATCTCCAGCCTTGCCTTTATCTTCTCTATTCTGGTCTTCTAAAGATTATTGACTAGACTTTGAAGAGGAAAGGATTGGTCTTTTGGTTGACTTGACTAGAGATACTTGCTTCTTTGTATTTTTTTGTTTTTTCTTGATATGGATTTGTCTTGAATGTTGGAAGAGTTGGCATGTTATATCGTGATGTCAACAATTCATCTGATGATAGAAAACTGGTTGTCGGTGTCACAGGTTTTGTACTCCCTTGTGAAAAGAATCCTGAAGAGTAAGATCCTTGGTATGAAGGTTCTGGATATATGCTGCTGAACGAAGGGAAGAAGCTGTCTGTTGATCTTCTGTTCTGTTTCATACTTTCTAAACACCATTGAAGATCTTTTAATTGATTCTTGAGGATGGAAATCTCAGCTTCTTTGATCCGGAAGTGGGAAGTGTTGGCTAACATATTATGTGTCATGTTCATCATTTCATGATGAAGTTGATCTAACCGGATCTCTGATATAGAGCTTTGCAAGGTAGCCAAGTTCTTGTTATAATTGTTCGCCATGTGATCCACCTTATGATTGATTGTATGAAGAAGCTGGTTCTGGCTGATTGCATTTTTAATTCTCTAGTTGAGGAATATTTTTGCTTGACTTAATGGATCAAGGCTAGAAGAGTTGACCTTAGTTGGTACTATCTTCGGGCTATGAACAATATCGCCTTTGGTGAAGTCTTCTATAGGAGGGAAGTCATTTGGATTGAACATCATGATACTAGGAGGATCTGGCTTCTTCTCTTGAGAGTATTGAAGGATATAATCATATCTTCCGTTGCCTTCACCGAGTGTGTCCACCGATGGATCTGCTTCTATATATCGTTTGTAGAGGGGATCCTTCTTTGCTCTTCGTCTTCTTCGTTTTTCATCGTTGGATTCATAGTTGAGATAGTCTTCTACATAAGCTGTACAGTTGCAGACATCAAATAAACAATGTCCATTCTCATCTCTGAACGGATATGTGACTGACCCATATTACCCAAAAGAGATGGGTTTTGGGATTGATCTTTTAGGACCTTGGAATTCTTGTTCATCGATCTGAATGGAGAACTGTGTAAACATCGGTCTTCGAAAAGATGATGATCTTGCCTTTTGGAATTTGATCTCCGTGAGTCCATCGTTTCTTGAGTGGAAAGTTGCTTGAGATGACTGGATCGGGCCTTGTGGTGCTTGACGAAGTTTTTCATAGCTTGTCACCCATGATTCAGGTAGCTTCTGTATTAGTTCTTCTCGAGATATTTGCCGAGGAATCTGAATAGCATTTGGTGCTTGAGAAGCTGAATTGACCTCTATGAATAATGCT

Boechera retrofracta (v1.0)

ID:

scaffold14|size2922549_LTR-Caulimovirus_80

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

494

Start:

1687964  

End:

1688457

Strand:

-

>scaffold14|size2922549_LTR-Caulimovirus_80

ATAATGCTTCATCTGATGAGGGAAGGACTAGATCAAGAGCATGATCTTGAATGCGGTAGACTATCTGATGGTGTAATGTAGCTATTACACTGGTTTCTTGCATAGGTACACCAACGATTTGTAATTGTACTTTAAGTGTGTTTAAGAGATTAGGATCTCTTAAAAAACATTAAAGTTGGGAAACCGTGTCACAAAGACTGTTCCTGCGTTAAGAGTGGTCTCGACGGTGCCAATACATGCTTGTTGATAAGTCTTTAGCCTGAAGTCGACTAAAGCTATTTGTGCTATAACTGGTAATCTTTTTTGAGCATGTAAGGTGAGTCTGATTCGCACAACACCAAAGTGGAGATGTGTGAATCCCTGTTGCTGCCAAAGCCGTGGAAAATGTTCTGGGATGTTTAGTGATATGAATTGCTCTTCTTCAGTGGCTGGAACTTGGCACGAAGAGAATTTGCTGGCTTGCATATACTCCTTGACTTTTCTGTTGGATGATG