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R1_LTR-Caulimovirus_2 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus7721599778515998556+
R1_LTR-Caulimovirus_3 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus4161809388418094299+
R1_LTR-Caulimovirus_4 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus57591809430418100062+
R1_LTR-Caulimovirus_5 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus5971810015918100755+
R1_LTR-Caulimovirus_6 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus941825654018256633+
R2_LTR-Caulimovirus_7 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus9071426833314269239+
R2_LTR-Caulimovirus_8 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus10032092873020929732-
R2_LTR-Caulimovirus_9 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus22402093471820936957-
R2_LTR-Caulimovirus_10 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus2892093708220937370-
R2_LTR-Caulimovirus_11 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus18072093795620939762-
R2_LTR-Caulimovirus_12 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus4172094106820941484-
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R3_LTR-Caulimovirus_15 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus27519356611935935+
R3_LTR-Caulimovirus_16 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus138219787981980179+
R3_LTR-Caulimovirus_17 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus16178695587869718+
R3_LTR-Caulimovirus_18 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus16178794547879614+
R3_LTR-Caulimovirus_19 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus9580374068037500+
R3_LTR-Caulimovirus_20 RetrotransposonsLTRLTR-Caulimovirus166480375038039166+

< 1 2 3 4 5 > Total 33


Raphanus sativus (v1.0)

ID:

R1_LTR-Caulimovirus_1

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

1360

Start:

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End:

15236241

Strand:

+

>R1_LTR-Caulimovirus_1

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Raphanus sativus (v1.0)

ID:

R1_LTR-Caulimovirus_2

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

772

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End:

15998556

Strand:

+

>R1_LTR-Caulimovirus_2

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Raphanus sativus (v1.0)

ID:

R1_LTR-Caulimovirus_3

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

416

Start:

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Strand:

+

>R1_LTR-Caulimovirus_3

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Raphanus sativus (v1.0)

ID:

R1_LTR-Caulimovirus_4

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

5759

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Strand:

+

>R1_LTR-Caulimovirus_4

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Raphanus sativus (v1.0)

ID:

R1_LTR-Caulimovirus_5

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

597

Start:

18100159  

End:

18100755

Strand:

+

>R1_LTR-Caulimovirus_5

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Raphanus sativus (v1.0)

ID:

R1_LTR-Caulimovirus_6

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

94

Start:

18256540  

End:

18256633

Strand:

+

>R1_LTR-Caulimovirus_6

TTCCTAATTGTGGTTGTGCGAATCAATGGACAGAGTAGTGCCTATATCGCTCCTTATATTTGGAAATTATCAAGCCTCGTTTGTCAACACGACT

Raphanus sativus (v1.0)

ID:

R2_LTR-Caulimovirus_7

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

907

Start:

14268333  

End:

14269239

Strand:

+

>R2_LTR-Caulimovirus_7

AATTCCAAAGAATCATGAATGATATATTTTCTGACTATTCAAAATTTTGCATTGTGTATATTGATGATATATTAATATTTTCAAATTCTATTGATGAACATTTCAAAAATCTCAAAACATTCTACTATGTTGCGAGGAAAAATGGTCTAGTTGTTTCCAAAACAAAAATGTCCCTGTTTCAAACTAAGATAAGATTTCTAGGTCACTACATATCACAAGGTATGATAACACCTATTGAAAGATCTTTAGAATTTGCAAATAAAATTCCAGACAAAATTATTGATAAAACTCAATTACAAAGGTTCCTTGGAAGCCTCAATTATGTTCTAGATTTTTGTCCTAATATTAATAGGATAGCTAAACCTTTACATAGTCGTTTAAAGAAAAATCCAGCTCCATGGACAAAAGAACATACCGAAATAGTTCAAAGGATTAAAAAACAGGTCCTAGAAATCCCGTGTCTGCATATAGCAGATCCGGATCTAGATAAAATCGTAGAAACAGACGCTTCAGACGTAGGCTATGGGGGTATTCTTAAACAAAAGAATTTAGATGGGCGCGAAAGTATTGTCCAGTTTACATCATCGCATTGGAATGACACCCAAAAGAACTATTCTACTATCAAAAAAGAAATTTTAAGTATAGTTTTATGTATTCAAAAGTTTCAAAGTGATCTCTTAAACAAAAAAATTCTTTTAAGAATTGATTGCAAAAGTGCTAAAGATGTTTTACAAAAAGACGTAAAAAATCTTGCCTCAAAACAGATTTTTGCAAGGTGGCAAGCGATTTTGAGTATTTTTGATTTTGAAATTGAATTTATAAAAGGAGATTCAAACTTTGTCCCAGATTTCTTGACGCGAGAATTTCTCCAAAACAGGTATAATGCCTCCGAAGAAGATAATTGACA

Raphanus sativus (v1.0)

ID:

R2_LTR-Caulimovirus_8

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

1003

Start:

20928730  

End:

20929732

Strand:

-

>R2_LTR-Caulimovirus_8

TTGGTAACAGAACAGCGGTCTAAGTTGTATTTATCCCACCATTTTACTCGGTAATCTCGGACTAAAGAGTATGGCATATTTGGTAGGAAGGAAACAAGGTTAAAGTGCCAAGATAGTATCCAAGGTATACCCATGTCAATGTGGAAAGCTATTTTTGGTAAAGGACCTATGGGTGAGTGTTTTTCGTGTTTGGTATAGTAGGATAAGGATACTTTTGGTATTTGGGTTGGATAGATTTCGTCACATGGTCCAAACCAGTGCCACCATTCATAGAACCAGCCTGGTATTGACTTAGGGCAATGGAAGTCAAAGGATATGAACCAAGAATGGTTGTAAGTTCGTAGGTATAGGGCATGGCGAAAAGCTTTTTGGTAGTCTACATAAGAAAATCCCGGAATATGATATCCTGAAACAGAGAAGTCTTTGGTGGTATGGAGGTTCATAAATCCGAGGTCTGAGGCAGTACATACTTTCAGGATCTTGAATGTGGAGTAGGAGATAAGGTTTGGGTTGGTTTCATCAGTGTGATGCGTAATCTCTACTGATTTGGTGTCTACAAGTATAAACTCATAAAAGGTATGGTTTTTGTTTAGGTTATCAGTGAGGTATTGGCTATCTTCATAGAAAAGACGGTTGGTAAGAGTGTTTAAATCTTTGAGGGTTATGGAGCTGGTGAATGAGGTAGTAGTTAAATGTTGGCGTTGTGGCTTAAGGAAATAGGTGGCTTTTTGGTCTGTAGGTTTTTGTAGTGTAGGTGTAAGGGCTATTTTTTGTGGTAATGGGTTAACTGCTTTTGCATAGGATAACGGAGGAAACTCTGCTAATGCAGATAACTTGTTGGTAGTGGATATCTGTTTCCCTTGTAGGTGTGGTTGAGTCTTGACATAATCCGATGCTGACATTGGCCTTTTTTGTTCACGTATTTTGATGATCTTGTGTTTTTTCCTGTAAATACTCTCTTGTTAGAAAATCTGGTAGGCAATTATTTTTTCCTTTTATATAT

Raphanus sativus (v1.0)

ID:

R2_LTR-Caulimovirus_9

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

2240

Start:

20934718  

End:

20936957

Strand:

-

>R2_LTR-Caulimovirus_9

TCTTCCCTATATATATTGTATATCAAAATCAAAAACTGATAATATAGCTTGCCATCTTGCGAAAATCTGTTTGGAAACCAAATTCTTTACATCCTTTTGTAAAATCTCTTTAGCGGATTTACAATCGACACGTAGTAAAAACCTTTTGTTTATTAAGTCATCCTGAAATTTAGAAATACAGTTTACTATAGATAAATTTTCTTTTTTAACCGTTGAATAATTCTTTTGGGGTCCTAGCCAAACTCCTGAACGAAAACGTACTATAGACTCTTGTTTTGATTCTGACATATTTTGTTTAAGTATCCTGCCATATCCTATTTCTGATGCATCTGTTTCTACTATCATAAATGCATTAGGATGTGGTATAATTAAGCAAGGTAATGTTGTGACCTTCTTCTTAATATCTTGAACTATACTAGTATGCATACTAGACCATGGGACTGGATTCTTCTGTAGTCTCTGAAATAATGGTTGTATTATTTTTCGTATATTAGGCAAAAAATCTGATATATAATTCAAGCATCCTAAAAATCGTTGTAATTGAGTTTTTTCTTTTATTTCATCAGGGAATTTATTTGTAAATTCTATTGATCTAGAAATATATGTTATTGTTCCTTGGTAAATATTATGTCCTAAAAATCTGATTTTTGTTTGAAATATTTGCATTTTCTTAGCAGAAACTACTAATCCATGTTTTTTTTAACTATGTTTAAGAAAGTATATAAATGTTTGAAATGTTGGTCAATAGATTTCGAATATATGAGTACATCATCTATATAGACTATGGAAAACGTGGAGTAAGGGTTAAAAATTTCATTCATAATGTTTTGAAATTCTGAGGGTGCATTTTTTAAACCGAATGGCATGACATTCCATTCATAGTGACCAAAAGGTACAGTGAATGCTGTCTTGTATTTATCTTTTTCAGCTATTTGAATTTGCCAAAATCCACTTTTCATATCAAATTTTGAAAATATACAAGCATCATATAGTCTTTTTAATAGGTCTCTTTTATTTGGTATTGGGTATCTTATCCATTGTATAACATTGTTTAAGGGTTTATAGTTAATTACTAGGCGAGGCACACCTCTTTCTTTTTCTGCTTGATTATTTACATAGAAGGCTGAACAACTCCAAGGTGATTTAGATTTTCTTATTAATTTGTTTATCTAATAGCTCTTGGATTTCCTTTTTACAATGTTCTAAAAGTTCTTGATTCATTTGTATGGGTCTAGCTTTAGTTGAAATATTTTTCTCATTAAATTCTTTTCATAAGGAATTTCAACAATATGTTTTTTCCTTTCCCAAAAGGCATTTGGGATCTCAGAACATACTTGTTTTAATAATTCATTTTCTAATTTCTTAATTTTATTTATTATTAATGGATCATTTAATTGTTTCTCTATTTGCTGATATTTTATTTCTTGTTGTAGGTATTGAATATGTTTTTGTTTTCCATTTATTAGGTTTATAGATTTTTCAATAGTAGAATTTTGTAAAGCTAATATTTCTTTGGTTTTCATTGGAGATAAAAATTCAAATATTATTTTTTCTCCAACTATTTTTGTAGTAATTCCTAGTTCAGTGACTTTAAATGGGTAAATTTGTGTAAAAAAGGGAGTTTCTAATATTATTTCTTGGCTTAAATTTTTTACAAGAATAAATTGGGTCTTAAAACAATACCCTTTATTACAAATCTTTTCTTTTGGTAGTTTATAGTTTACCTTTAAACTACTTCCATTTGCTCCACTAAGTTTTTCATAAGTTTTTTCATAATACTTAGTTGGAACTATTCCTTCTCTAATACAGTTGTAGTCTGCACCTGTGTCTAGTAAGGCTATTATTTCTAGTTTAAAATCATAGCCTATATGTAGGGTGATTTTTGTATACCATTTTTGGTAGTTTATTTTATCTATTATTTGAATATATTCTTCTTCATCATTAGTTTCTATTTGTTTTTCAGGGTTACTTGTGGATGGAACGGTGGGTGTAGATTGGCGAAAGTTTGGCTTATTTAGCATTAATTTGTAGTTGTTCTAATTGTTGTTGATGTACTATGTGTTGTAACTCTTTTACTTGAGACTTTAAGTTTTTTACTTCTCCTTGTAGTTCTCCGGTAGTTACTTGTTTAAATAGATTAGGCGATGGATATTTTTCTAATATCTTGCTAAGCCTAAAAGGTTGTGGGGTAGAGAGTTGGGTTTCTCTATGTATAATATCTTTTAGTTTTAGAAGATATT

Raphanus sativus (v1.0)

ID:

R2_LTR-Caulimovirus_10

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

289

Start:

20937082  

End:

20937370

Strand:

-

>R2_LTR-Caulimovirus_10

TTCTCATGATGATTTACTTTGGTCTTCTATAATATCTAGGAAATGTTCATTATTAGATTCTTCTGAGTTTTCTGATTCTGAAAGGAGTAATTTTTCTAGTTTTTCTCTAATATCTTGTTGATCATGAAATATTTCATTTATTTTTCTTTTCATTTTGCATTCATTTGATTTATGACCAGGTCATTTGCAATTCCAGCAAACATTTTTTTCTTTTCTAATTGGGTCTTTTGGGGTTTTATTTTTCATATAATAAGGGTTAGAAATTTTTTTTGAATATTTTTTATTCTTA

Raphanus sativus (v1.0)

ID:

R2_LTR-Caulimovirus_11

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Caulimovirus

Length:

1807

Start:

20937956  

End:

20939762

Strand:

-

>R2_LTR-Caulimovirus_11

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Raphanus sativus (v1.0)

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>R2_LTR-Caulimovirus_12

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Raphanus sativus (v1.0)

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>R2_LTR-Caulimovirus_13

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Raphanus sativus (v1.0)

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>R3_LTR-Caulimovirus_14

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Raphanus sativus (v1.0)

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Raphanus sativus (v1.0)

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>R3_LTR-Caulimovirus_16

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Raphanus sativus (v1.0)

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Raphanus sativus (v1.0)

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Raphanus sativus (v1.0)

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>R3_LTR-Caulimovirus_19

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Raphanus sativus (v1.0)

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