ID Class Order Superfamily Length Start End Strand View
Contig00001_LTR-Cassandra_1 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra1101335113460+
Contig00001_LTR-Cassandra_2 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra2601346113720+
Contig00001_LTR-Cassandra_3 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra1101994320052+
Contig00001_LTR-Cassandra_4 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra3462005320398+
Contig00001_LTR-Cassandra_5 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra1082040320510+
Contig00001_LTR-Cassandra_6 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra1462051120656+
Contig00001_LTR-Cassandra_7 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra3352070321037+
Contig00008_LTR-Cassandra_8 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra3462490325248-
Contig00008_LTR-Cassandra_9 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra3642535525718-
Contig00021_LTR-Cassandra_10 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra2243937639599+
Contig00022_LTR-Cassandra_11 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra3641889819261+
Contig00022_LTR-Cassandra_12 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra3461936819713+
Contig00025_LTR-Cassandra_13 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra832039620478-
Contig00037_LTR-Cassandra_14 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra17816411818+
Contig00037_LTR-Cassandra_15 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra3423782938170-
Contig00037_LTR-Cassandra_16 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra3373833538671-
Contig00049_LTR-Cassandra_17 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra1991950619704-
Contig00049_LTR-Cassandra_18 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra3421987020211-
Contig00070_LTR-Cassandra_19 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra11930253143+
Contig00097_LTR-Cassandra_20 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra319541859-

< 1 2 3 4 5 > Total 49


Isatis indigotica (v1.0)

ID:

Contig00001_LTR-Cassandra_1

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

110

Start:

13351  

End:

13460

Strand:

+

>Contig00001_LTR-Cassandra_1

TGGCATCAAAGCCGAACCCAGACGACAGTGGAGTTGTGTGGGCTCACAACGTAGGGGGTGACTGTCCGGGGGCGCAACGAGGACATGGCGTTCTGTGAGTGCGGGTGAAT

Isatis indigotica (v1.0)

ID:

Contig00001_LTR-Cassandra_2

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

260

Start:

13461  

End:

13720

Strand:

+

>Contig00001_LTR-Cassandra_2

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Isatis indigotica (v1.0)

ID:

Contig00001_LTR-Cassandra_3

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

110

Start:

19943  

End:

20052

Strand:

+

>Contig00001_LTR-Cassandra_3

TGGTATCATAGCCGAACCCAAACGAGTGTGGAGTTGTGTGTACCCACACCATCGGCGGTGACGGTCCTGGCGCACAATGAGGAAGTTGCGCTCTATGAGTGGGGGTGAAT

Isatis indigotica (v1.0)

ID:

Contig00001_LTR-Cassandra_4

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

346

Start:

20053  

End:

20398

Strand:

+

>Contig00001_LTR-Cassandra_4

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Isatis indigotica (v1.0)

ID:

Contig00001_LTR-Cassandra_5

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

108

Start:

20403  

End:

20510

Strand:

+

>Contig00001_LTR-Cassandra_5

GTATCAGACTCGAACCTATATGAGTCTGGAGTCGTGTGTACTCTCACCATCGTGGGTGACGGTCCTGTCGCGCAACGAAGACATTGCGCTGTGTGAGTGAGAGTGAAT

Isatis indigotica (v1.0)

ID:

Contig00001_LTR-Cassandra_6

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

146

Start:

20511  

End:

20656

Strand:

+

>Contig00001_LTR-Cassandra_6

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Isatis indigotica (v1.0)

ID:

Contig00001_LTR-Cassandra_7

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

335

Start:

20703  

End:

21037

Strand:

+

>Contig00001_LTR-Cassandra_7

TGTAACATCCCAATTTCATGGAAAATTGGTGCTCCATGAAGACAGTTTAAGAGAATTAATTTGGTTATCTATATCACCAAAGTGCACTTATATTTTCAGTTGCACATCCCTAGAACTCCAGAGTAAGCGTGCTTGGGTTGAAGTAATTTAAGGATGCATGACTTTCTCGGAAGTGATTTCCAGAACCGTATGAGTGCGAAAAAAACACGAGGAAATACCATAAGGTGACTGTAGGGATAGAAAATAAGTTTCTTGACCTCCCGGAAGTGGTGCACCGGCAGTCTGATGATGGTGGGGCCCACATGGAGCATGGACCCACATACAGTGGCGGTCGG

Isatis indigotica (v1.0)

ID:

Contig00008_LTR-Cassandra_8

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

346

Start:

24903  

End:

25248

Strand:

-

>Contig00008_LTR-Cassandra_8

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Isatis indigotica (v1.0)

ID:

Contig00008_LTR-Cassandra_9

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

364

Start:

25355  

End:

25718

Strand:

-

>Contig00008_LTR-Cassandra_9

TATAACGCCCCAACCGCCCCTACCAATGAGCCCATATGTCCTCGCCCTAGGCCCATGGGCTTGTCCACTCCTGTCTGACAGTCGGTGCGTTATCGGGAGGCTCGAAAGTCATGATATACTGTCCCTGCAATCACCACATGAACGTTCCCTGTAGTTTGGCCTCACTCATATATACGATACCGCGATTGATTTTCCGATAGGTCACCCACCCTTTGACTACTTCAACTCAAGCACGTTTAACTCTGGATTTTTTCTCTGGATGTGCAGCCGAAAAGGTAAGTGCATTTTTGTGACATAGGTAGCCAAATCAATTCTTTTATCCTTTCACCCATACGTTTCCATTAAACAAGAAATCGGGATGTTA

Isatis indigotica (v1.0)

ID:

Contig00021_LTR-Cassandra_10

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

224

Start:

39376  

End:

39599

Strand:

+

>Contig00021_LTR-Cassandra_10

TATGGTGGTGCATTTTCAAGACTTAAAAGAATTGATTTGGATATTTATGTCACTTAAAGTGCATTTACCTTTTCAGTCAAACATCTGAAAAGAACTGCAAAATTAAGCGTATTTGATCTCGAGCAATCAAATGATGGGTGACATATCAGGAAGTGATTCTTGGTACCATGTGAGTGAGAAAAAAACCCTGGGGAACATTCATGTGGTGATTGCTGGATCAGTAA

Isatis indigotica (v1.0)

ID:

Contig00022_LTR-Cassandra_11

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

364

Start:

18898  

End:

19261

Strand:

+

>Contig00022_LTR-Cassandra_11

TAACATCCCGATTTCTTGTTTAATGGAAACGTATGGGTGAAAGGATAAAAGAATTGATTTGGCTACCTATGTCACAAAAATGCACTTACCTTTTCGGCTGCACATCCAGAGAAAAAATCCAGAGTTAAACGTGCTTGAGTTGAAGTAGTCAAAGGGTGGGTGACCTATCGGAAAATCAATCGCGGTATCGTATATATGAGTGAGGCCAAACTACAGGGAACGTTCATGTGGTGATTGCAGGGACAGTATATCATGACTTTCGAGCCTCCCGATAACGCACCGACTGTCAGACAGGAGTGGACAAGCCCATGGGCCTAGGGCGAGGACATATGGGCTCATTGGTAGGGGCGGTTGGGGCGTTATA

Isatis indigotica (v1.0)

ID:

Contig00022_LTR-Cassandra_12

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

346

Start:

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End:

19713

Strand:

+

>Contig00022_LTR-Cassandra_12

TGTAACATCCCGATTTCTGGTATAATGAAAATGTATGTGGGAAAGGTTAAAAGAATTGATTTGGACACCTATGTCACCAAAGTACACTTACCTTTTCGGTTGCACATCCAGAGAGAACTCCAAAGTTAAGCGTGTTTGAGCTGAAGCAGTCAAAGGATGAGTGACCTAGCGGGAAGTCATTTACGGTACCGTGTGAGTGAGAACAGTCATATGGTGATTGTAGGGACAATATATCATGACTTTCGAGCCTCCCTATAACGCAACGACCGTTGGACTGGGTGGGAAGACACATGGGTCTAGTGAGAGGACGTGAGAGTTCACTGGTAGGAGCGGTTGAGGCGTTATA

Isatis indigotica (v1.0)

ID:

Contig00025_LTR-Cassandra_13

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

83

Start:

20396  

End:

20478

Strand:

-

>Contig00025_LTR-Cassandra_13

ACTTTGGTGAAATAGGTAGTTAAATCAATTTTTTTTTATTTCTCCTACATATGTTTCTATATATACCAGAAATTGGGATGTTA

Isatis indigotica (v1.0)

ID:

Contig00037_LTR-Cassandra_14

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

178

Start:

1641  

End:

1818

Strand:

+

>Contig00037_LTR-Cassandra_14

TAACATTCGGATTTCTAATATATGGTGGTACATGTGGAGAAGCTTTAAAAATTTGATTTGGTTATTTATGTCATTAAAATGCAATTATATTTTCTATTACATATCTTAAAAGAACTTCAGAGTTAAACGTATTTGAGTTGAGAAAATCTTCAAATGAGTGATCTATCGAAAAATAATT

Isatis indigotica (v1.0)

ID:

Contig00037_LTR-Cassandra_15

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

342

Start:

37829  

End:

38170

Strand:

-

>Contig00037_LTR-Cassandra_15

CCTCTCACTAGGCCCACATGTCCTCTCATTAGGCCCATTGGGCCCACCCCTGTCCGACGGTCGGTGCGTTAACCAGGAGGCTCGAAAGTCATGATATACTGACCCTGCAATCACCACATGACCGTTTCTCGTGTTTTTTCCTAACTCACACGATACCGCGAATCAGTTCCCGGTAGGTCACCCATCCTTTGACTACTCCAGCTCAAGCACGCTTAACTCTGGAGCTCTCTCTGGATGTGCAACCGAAAAGGTAAGTGCACTTTGGTGACATAGGTAGCCAAATCAATTCTTTTAATCTCTCCCACATATGTTTCCATATATACCAGAAATCGGGATGTTACA

Isatis indigotica (v1.0)

ID:

Contig00037_LTR-Cassandra_16

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

337

Start:

38335  

End:

38671

Strand:

-

>Contig00037_LTR-Cassandra_16

CCTTTCACTAGGCCCACATGTCCTCTCATTAGGCCCATTGGGCCCACCCCTGTCCGACGGTCGGTGCGTTAACCGGGAGGCTCGAAAGTCATGATATACTGACCCTGCAATCACCACATGACCGTTTCTCGTGTTTTTTCCTAACTCACACGATACCGCGAATCAGTTCCCGGTAGGTCACCCATCCTTTGACTACTCCAGCTCAAGCACGCTTAACTCTGGAGTTCTCTCTGGATGTGCAACCGAAAAGGTAAGTGCACTTTGGTGACATAGGTAGCCAAATCAATTCTTTTAATCTCTCCCACATATGTTTCCATATATACCAGAAATCGGGATG

Isatis indigotica (v1.0)

ID:

Contig00049_LTR-Cassandra_17

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

199

Start:

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19704

Strand:

-

>Contig00049_LTR-Cassandra_17

GGAGGCTCAAAAGTCATGATATACTATCCCTGCAATCACCACATGATCATTCCCCGTGTTTTTCCTAACTCACACGGTACCGCGAATGACTTTCCGGTAGGTCACCCATCCTTCCACTACTCCAGCTCAAACACGCTTAACTCTAGAGTTCTTTCCGGATGGTTAACCGAAAAGGTAAGTGCACTTTGGTGACATAGGT

Isatis indigotica (v1.0)

ID:

Contig00049_LTR-Cassandra_18

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

342

Start:

19870  

End:

20211

Strand:

-

>Contig00049_LTR-Cassandra_18

GCCTCTCACTAGGCCCACATGTCCTCTCATTAGGCCCATTGGGCCTACCCTATCCGACGGTCGGTGCGTTATCCGGGAGGCTCGAAAGTCATGATATACTATCCCTACAATCACCACATGACCGTTCCCCGTGTTTTTCCTAACTCACACGGTACCGCGAATGACTTCCCGGTAGGTCACCCATCCTTCCACTACTCCAGCTCAAATACGCTTAACTGTTGGAGTTCTTCTCGGATGGTTAACCGAAAATATAAGTGCACTTTGGTGACATAGTTAGCCAAATCAATTCTATTATTTTCTTCCACATATGTTTCTATATATACCAGAAATCGGAATGTTACA

Isatis indigotica (v1.0)

ID:

Contig00070_LTR-Cassandra_19

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

119

Start:

3025  

End:

3143

Strand:

+

>Contig00070_LTR-Cassandra_19

TGTAACATCCCGATTTCTAGTATATATGGAAACATATGTGAGAGAGGTTAAAAGAAATGATTTGGCTACTTATGTCACCAAAGTGCACTTACCTTTTTGGTTGTACATCCAGAGAGAAC

Isatis indigotica (v1.0)

ID:

Contig00097_LTR-Cassandra_20

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

319

Start:

541  

End:

859

Strand:

-

>Contig00097_LTR-Cassandra_20

TATAACGCTCCAACTGCCCCTACCAATGAGTCCTCATGTCCAACGGCCGGTGCATTAACCGAGAGACTCGAAAGTCATGATATATTGTCCCTCCAATCACCACATGACCGTTCCCCGTGTTTTGGCCTCACTCACATGGTACCGCGAATGATTTTCCGGTAAGTCACCCAACATTTGACTAGTCAGTTCAAGCACGCTCACCCAAGTTCTCTGGATGTGCAGCCGAAAAGGTATGTGTACTTTGGTGATATAGGTTGTCAAATCAATTCTTTTAATCTCTCCCACATATATTTCCATATATATCAGACGAGATGTTACA