ID Class Order Superfamily Length Start End Strand View
Chr1_LTR-Cassandra_1 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra1551026323010263384+
Chr1_LTR-Cassandra_2 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra1281147960111479728-
Chr1_LTR-Cassandra_3 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra3461149283311493178+
Chr1_LTR-Cassandra_4 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra1111149317911493289+
Chr1_LTR-Cassandra_5 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra3571149329111493647+
Chr1_LTR-Cassandra_6 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra3541204091612041269+
Chr1_LTR-Cassandra_7 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra3371224907712249413-
Chr1_LTR-Cassandra_8 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra3571225309812253454+
Chr1_LTR-Cassandra_9 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra1811227751812277698+
Chr1_LTR-Cassandra_10 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra1641229756412297727+
Chr1_LTR-Cassandra_11 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra1071229780812297914+
Chr1_LTR-Cassandra_12 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra951229791512298009+
Chr1_LTR-Cassandra_13 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra1641229918312299346+
Chr1_LTR-Cassandra_14 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra1121229942312299534+
Chr1_LTR-Cassandra_15 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra871229953712299623+
Chr1_LTR-Cassandra_16 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra3561246783512468190-
Chr1_LTR-Cassandra_17 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra1081246819112468298-
Chr1_LTR-Cassandra_18 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra2981257621312576510+
Chr1_LTR-Cassandra_19 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra3391295792612958264-
Chr1_LTR-Cassandra_20 RetrotransposonsLTRLTR-Cassandra2671314978513150051-

< 1 2 3 4 5 > Total 9


Arabidopsis thaliana (TAIR 10)

ID:

Chr1_LTR-Cassandra_1

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

155

Start:

10263230  

End:

10263384

Strand:

+

>Chr1_LTR-Cassandra_1

AGAAATGTGGTGGTGGATAAGAAAAGTTTAAAATAATTGATTTGATCATGTCACTAAAATACACTTTTTTTTTAGGTCAAACTTTTTAAACAATTTTATAATTAAATGTGTTTGATTTGAAGCAATTTATAAATGAGTGATCTATTGGAAAGTGA

Arabidopsis thaliana (TAIR 10)

ID:

Chr1_LTR-Cassandra_2

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

128

Start:

11479601  

End:

11479728

Strand:

-

>Chr1_LTR-Cassandra_2

TGTAACGCCCCGACCGCCCCTACCAGTGGGTCTCACGTCCTCTTTCGCGTCCATGGGTCATCCCCTATCCGACGGTTGGTATGCAACGTTCGGGAGGCTTTAAAGACTTGTTATCGATCTACAAATCA

Arabidopsis thaliana (TAIR 10)

ID:

Chr1_LTR-Cassandra_3

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

346

Start:

11492833  

End:

11493178

Strand:

+

>Chr1_LTR-Cassandra_3

AATATTTTGGTTTTATGAATATGTTGGTGCATATATAAAGAATTAAAAGAATTGATTTGAACTCATCAAAATATAGTTATCGTATTAGTCAAAAGTGTTAAAAGAATTTCATAGTTAAGCATACTTGAGCTGAGAAAATCTTATGAAGGATGACATTCTAAGAAGTGATTGTCAGAATCGTGCAAGTGAGGACAAAACATAAAGAAATATCATGTGGTGATTTATAGGATCGGTAAACAAATCTTGAAAGTCTCCCGAACATAGCAGACCAACCGTCAAACAAGGGTGGACCAATGAACACAAGAGAGGATGTGGAGCCACTAGAAGGGACGGTTGGGATATTACA

Arabidopsis thaliana (TAIR 10)

ID:

Chr1_LTR-Cassandra_4

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

111

Start:

11493179  

End:

11493289

Strand:

+

>Chr1_LTR-Cassandra_4

AGTGATATCAGAGCCAAATCGAGACGAATGTAGAATCAAGAAGACTCTCACTGTCAAGAGTAACGGTCTTGGTACGCAACGAAGACATTGCGATTAGTTAGTAGAGGTGAA

Arabidopsis thaliana (TAIR 10)

ID:

Chr1_LTR-Cassandra_5

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

357

Start:

11493291  

End:

11493647

Strand:

+

>Chr1_LTR-Cassandra_5

TATAATACCCTGGTTTTAGAATATGGTCGTGTATGGAGAGAGTCTTTAAAATAATTGACTTAGCCATCTATGTCATCAAAGTGTACTTATCTTTTTAGTCAAATGTCCTGAGATAATTCCACAATTAAACGTGTTTAAGCTGGAAAAATATCAAGATAGATGACCTTCCAGGAAGTAATCGTCAAAACCGTGTGAGCGAAAACAAAACACAAAAAAAAATATGTGATAATTTATAGGATCGATAAAAAAATATTTAAAACCTCCTAAACATGGCGGTCAGCCGTGAGACAGGGATAGAGTTCATAGGCCTTGGAGAAGACGTAGATGTCTACTGAATAAGACGGTCGGAACACTATA

Arabidopsis thaliana (TAIR 10)

ID:

Chr1_LTR-Cassandra_6

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

354

Start:

12040916  

End:

12041269

Strand:

+

>Chr1_LTR-Cassandra_6

TGTAACATCGAAGTTTCATGAAATATGGTGGTGCATGTAGAATGATTTGAAAGAACTGATTTGAGTACTTATATCACTAAAATGCAATTATTTTTTCAGTCAAACAATCAGAGAGAATTTCACAATTAAGCATGCTTAAACTAGAAAAATTTCAAGATAAGTGACCTTTTGCGATGTGATTGTGGAGACTATGTGAGTGAAGACAAAACACGTGAAAATATAATGTTGTGAATTTGTAGGATCTGTAAAAAAAACATTAAAACATCTCAGAGATAACGAACCAGCTGTCGGATAAAAATGAGCTGACAAGCGCAGAAAAGACATGGGGTCCATAAAGGATGGCGGTCTGGGCAT

Arabidopsis thaliana (TAIR 10)

ID:

Chr1_LTR-Cassandra_7

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

337

Start:

12249077  

End:

12249413

Strand:

-

>Chr1_LTR-Cassandra_7

TGTAACGCCTCAACCGTCCCTATCAATGAGCACACACGTCTTCTTTCGGGCCAGTCCGCTATGTTTGGAGGCTTTAAAGACTTGTTTACCAATTATACAAATCACCACATGATCTTTCTTAGTGTTGTATCCTTATTCACACGGTTCCAACAATCACTTCCCGAAAAATCATCTTTCCTGAAATTGCTCTAGCTTAAGCAATCTTAATTGTGGAGTTCTGAGAGGATGTTAATTTGACCGAAAAGATAAGTACACTTTAGTGGTATAGGTGACCCTAACTCAATTATTTTAAATCTCTGAGCATATACTGCCATATTTCTGAAACCGACATGTTATA

Arabidopsis thaliana (TAIR 10)

ID:

Chr1_LTR-Cassandra_8

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

357

Start:

12253098  

End:

12253454

Strand:

+

>Chr1_LTR-Cassandra_8

TGTAACACCTCGATTTCAGGAATATGGTGGTGCATGCAAAGAGGTTTATAAGAATTAATTTGACCACCTATGTCACCAAAGTGCACTTATCTTTTCGGTCAAAGGTCCTAAAAGAACTCCACAGTTAAACATCCTTGAGCTGTAGTAGTTTCAGGATGGGTGACTTTCCGGGAAGTGATAGCCGGAACCATGCGAGTGAGGACAAAGAATGAAAAAAGATCATGTGGCGATTTGTAGGATCGGTAACAAGTTTTTAAAAACCTCCCGGACATGGCGCACTGACCGTCGGACAGGGATATGCCCATGGGCCCAAGAAAGGACGTGGAGCCTGCTAGTAGGGGCAGTCAGGGGGTTACA

Arabidopsis thaliana (TAIR 10)

ID:

Chr1_LTR-Cassandra_9

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

181

Start:

12277518  

End:

12277698

Strand:

+

>Chr1_LTR-Cassandra_9

ATTGTCGGAACTGTGTAAGTGAGGAAAAAACACAAAGAAAAATCATATATTGATTTGTAGGGTCTGAAACCAAGTCTTTAAAACCTTTTGGACGTAGCGGACCGAATGTCAGACAGGATAGGACCCATGGACCCGAGAAAGGACGTAGGTGCTCACTAGCATGGGCGGTCAGGAAATTACA

Arabidopsis thaliana (TAIR 10)

ID:

Chr1_LTR-Cassandra_10

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

164

Start:

12297564  

End:

12297727

Strand:

+

>Chr1_LTR-Cassandra_10

TGTAACACCTCGGTTTCATGAATATGGTGGTCCATGCGAAAAGGTTTAAAAAGAATAAATTTAACCATCTATGTCAGCAAAGTGCAAATATATTTTCCGTCAAACGTCCTGAAAGAACTCCAGGATTAAGCGTGCTTAAGCCGGAGCAATTTCAGGATGGGTGA

Arabidopsis thaliana (TAIR 10)

ID:

Chr1_LTR-Cassandra_11

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

107

Start:

12297808  

End:

12297914

Strand:

+

>Chr1_LTR-Cassandra_11

GTATTAGAGCTGAACCCATGAAGTATAGAGTTAAGAGGACTCACACCATCGGGGGTGACAATTTTGGTGTGAAACGAGGACATTGCGATTTGTTAGTGGGGATGAAT

Arabidopsis thaliana (TAIR 10)

ID:

Chr1_LTR-Cassandra_12

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

95

Start:

12297915  

End:

12298009

Strand:

+

>Chr1_LTR-Cassandra_12

TATAACACTTCGGTTTTAGAAATATGGTAATACATACGGAGAAGTTTAACAGAATTGATTTGGTCACCTATATCACTAAAATGCACTTATGTTTT

Arabidopsis thaliana (TAIR 10)

ID:

Chr1_LTR-Cassandra_13

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

164

Start:

12299183  

End:

12299346

Strand:

+

>Chr1_LTR-Cassandra_13

TGTAACACCTCGGTTTCAGGAATATGGTGGTCCATGCGAAGAGATTTAAAAAGAATAAATTTACCCACCTATGTCAGCAAACTGCAAATATCTTTTCCGTCAAACGTCCTGAAAGAACTCCAGGATTAAGCGTGCTTAAGCCGGAGCAATTTCAGGATGGGTGA

Arabidopsis thaliana (TAIR 10)

ID:

Chr1_LTR-Cassandra_14

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

112

Start:

12299423  

End:

12299534

Strand:

+

>Chr1_LTR-Cassandra_14

AATTGTATCAGAGCTGAACCCATGCAAGTATAGAGATAAGAGGACTCACACCATCGGGGGTGACAATTTTGGTGTGAAACGAGGACATTGCGATTTGTTAGTGGGGATGAAT

Arabidopsis thaliana (TAIR 10)

ID:

Chr1_LTR-Cassandra_15

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

87

Start:

12299537  

End:

12299623

Strand:

+

>Chr1_LTR-Cassandra_15

TAACACTTCGGTTTTAGAAATATGGTAATACATAAGTTTAACAGAATTGATTTGGTCACCTCTATCACTAAAATGCACTTATGTTTT

Arabidopsis thaliana (TAIR 10)

ID:

Chr1_LTR-Cassandra_16

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

356

Start:

12467835  

End:

12468190

Strand:

-

>Chr1_LTR-Cassandra_16

TGTAACGCTCCGACCGTCCCTACTAGTGGGCCCCATGTCTTCACTCGGGCCCATGGGCCCACCCCTATCCGATGGTTGGTGCGCCACGTCCCGGAGGCTTTAAAGAATTGTTACCGACCCTACAAGTCACCACATGATCTTTTCATATGCTTTGTCCTCACTCACATGGTTCCGATAATCACTTCCTGGAAGGTCACTCATCCTGAAACTACTGCAGTCCAAACACGCTTAACTGTGGAGTTCTTTCAGGACCACTGACCGAAAAGATAAGTGCACTTTAGTGACATAGGTGGTCAAATCAATTCTTTTAAACCTCTCTTCATGCACCACCATATTCATGAAACCGGAGTGTTACA

Arabidopsis thaliana (TAIR 10)

ID:

Chr1_LTR-Cassandra_17

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

108

Start:

12468191  

End:

12468298

Strand:

-

>Chr1_LTR-Cassandra_17

ATTCACCCCCACTAACAGATCGCAACATCCTCGTTGCACACCAAGACCGTAACCCCCGATGGTGCAAGCCTTCTTGACTTCACACTTATCTAGGTTCGGCTCTGATAC

Arabidopsis thaliana (TAIR 10)

ID:

Chr1_LTR-Cassandra_18

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

298

Start:

12576213  

End:

12576510

Strand:

+

>Chr1_LTR-Cassandra_18

TGTAACACCCCGATTTCGGGGAATATGGTGGTGCATGCGGAGAAATTTAAAAGAACTGATTTGGCCATCTATGTCACCAAAGTGCACTTATATTTTCGGTCAAAGGTCCTGAGAGAATTCCACTGTTAAGCGTGCTTGGGCTGGAGTAGTTTCAGGATGGATGACCTTTCGGAAAGTAACTGTCGGAACCATGCGAGTGAGGACAAAGCATGGAGAAAGATCATGTGGTAATTTTTAGGGTCGGTAACAAGTCTTTAAAGCCTCCCGGACGTGGCGCACCGACTGTCGGACAGGAGTG

Arabidopsis thaliana (TAIR 10)

ID:

Chr1_LTR-Cassandra_19

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

339

Start:

12957926  

End:

12958264

Strand:

-

>Chr1_LTR-Cassandra_19

TGTAACGCACCGATTGTCCTTACCAGTGGGCTCCACATCCTCTCTCAGGGCCATCACCCCTGTCCGACGGTCGGTGCGCTATGTCCGGGAGGTAAAGACTTGTTACCAACCCTACAAATCACCAAATTATCTTTTTCCATGCTTTGTCCTGTTCCGACAATCACTTTCCGGAAGGTCATCCATCCTAAAACTACTCCAGCTCAAGCACGCTTAACTATGGAGTTCTCTCAGGACCTCTGACCAAAAGATAAGTGCACTTTGGTGACATAGGTGGCCAAATCAAAATTCTTTTAAATATCTCCGCATGCACCACCATATTTCTGAAACCGGGGTGTTACA

Arabidopsis thaliana (TAIR 10)

ID:

Chr1_LTR-Cassandra_20

Class:

Retrotransposons

Order:

LTR

Superfamily:

LTR-Cassandra

Length:

267

Start:

13149785  

End:

13150051

Strand:

-

>Chr1_LTR-Cassandra_20

TTTGGAAGGTTTATAGTCTTGTTTAATGACCTTATAAATAACCACATGATCTTTCTCCATACTTTGTCCTCATTCGTATGGTTTTAACAATCCCTTTTCGGAAGATCATCCATCCTAAAATTACTTTAGCCAAGCACACTTAACTGTGGAGTTCTCTCAGCATGTTTGACCGAAAAGATAAATGCTATTTGGTAGTATAGGTGTCCAATTTAATTCTTTTGAACCTAACCGCATGCACCACCATATTTTTGAAACTAAGGTGTTATA